<div id="__MailbirdStyleContent" style="font-size: 10pt;font-family: Arial;color: #000000;text-align: left" dir="ltr">Hello, <div><br></div><div>I have had success overlaying two small molecules in chimera by using the following process and using the "match sel" command in the command line. Each molecule I want to compare has 3 similar nitrogens<br><br><span style="font-size: 13.3333px">http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2014-August/010205.html</span><br><div><br></div><div>Though this process works for overlaying two small molecules, it does not work for a third. The first error I received indicates "an odd number of atoms has been selected." Clearly the 'match sel' command works by comparing pairs of homologous atoms -- is there a way to expand this 'pair' to a larger set (e.g. triplets) to multiple small molecules? </div><div><br></div><div>Thanks! </div><div><br></div><div>Tyler </div><div class="mb_sig">_______________________<div>Tyler G. Saint-Denis, Ph.D.</div><div>Postdoctoral Fellow </div><div>T. Don Tilley,  Ph.D. Laboratory </div><div>College of Chemistry</div><div>University of California, Berkeley </div><div><br></div><div>tstdenis@berkeley.edu</div><div>914-462-1954 </div></div></div></div><img class="mailbird" width="1" height="1" style="border:0; width:1; height:1; display: none;" src="https://tracking.getmailbird.com/OpenTrackingPixel/?messageId=Mailbird-0a0775ec-7910-4f86-98c9-dd289d79ac2a@berkeley.edu&senderHash=11B44175F880FDE19E671699AE4D75DD47E83FE4B35C67AB97FAF270E1F82DF5&recipientHash=0FD8C2264720994B761CFC99605ACEDA6CE3A466C63CBA745C689DABBCBDBEFA&internalId=390f4a66-72c1-4c3a-b1c3-036e0414c964" alt="05537c13-eec7-4b35-bc2c-f774f520f544">