<div dir="ltr"><div>Dear Chimera </div><div><br></div>Thank you very much for your kind answers.<div><br></div><div>Sorry, I have a question about the issue of ligand topology for the docking study.<br><div><br></div><div>The topology did not match when I used this ligand for the docking study.<br><div><br></div><div>Could you tell me how to solve this problem?<br></div><div><br></div><div>The thing I tried</div><div><br></div><div>1. I tried to add hydrogen atoms on UCSF Chimera by following the URL below, but it did not work<br></div><div><span lang="EN-US" style="font-size:10.5pt;font-family:游明朝,serif"><br></span></div><div><span lang="EN-US" style="font-size:10.5pt;font-family:游明朝,serif">Reference: <a href="https://www.swissparam.ch/SwissParam_gromacs_tutorial.html" style="color:rgb(5,99,193)">https://www.swissparam.ch/SwissParam_gromacs_tutorial.html</a></span></div><div><br></div><div>2. Compare with the contents of the Mol2 file for cholesterol that was correctly docked.</div><div><br></div><div>25-hydroxycho_only_0216 </div><div>→ original file<br></div><div><br></div><div>25-hydroxycho_only_0216_Chimera<br></div><div>→after adding H using UCSF Chimera </div><div><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><span style="color:rgb(34,34,34)">------------------------------</span><span style="color:rgb(34,34,34)">------------------------------</span><span style="color:rgb(34,34,34)">---------------</span><br></div>松井　健治<div> 東京農工大学大学院 å·¥å­¦åºœç”£æ¥­æŠ€è¡“å°‚æ”» ä¿®å£«Â </div><div>〒184-8588 æ±äº¬éƒ½å°é‡‘井市中町2-24-16</div><div> Mail: <a href="mailto:s214903z@st.go.tuat.ac.jp" target="_blank">s214903z@st.go.tuat.ac.jp</a><br></div><div><br></div><div><span style="color:rgb(34,34,34)">Kenji Matsui</span><br style="color:rgb(34,34,34)"><span style="color:rgb(34,34,34)"> Graduate School of Tokyo University of Agriculture and Technology</span><br style="color:rgb(34,34,34)"><span style="color:rgb(34,34,34)">2-24-16, Nakamachi, Koganei-shi, Tokyo 184-8588, Japan</span><br style="color:rgb(34,34,34)"><div style="color:rgb(34,34,34)"> Mail: <a href="mailto:s214903z@st.go.tuat.ac.jp" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">s214903z@st.go.tuat.ac.jp</a></div></div></div></div></div></div></div></div></div>