<div dir="ltr">Thanks Elaine.<div><br></div><div>At the end I selected the specific residue (X) and I went to Tools>structure editing>rotamers and selected Lys there.  Then stored the session.  On reopenong the residue was K.  </div><div><br></div><div>Jackie Vitali</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Feb 24, 2022 at 11:50 AM Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Jackie,<br>
If the PDB file has a MODRES record that specifies the "normal" form of the residue, then I believe it will show up as K when you display the sequence.  <br>
<br>
For example, if I use these commands<br>
<br>
open 7k3m<br>
select :kcx<br>
<br>
...and then show its sequence (menu: Favorites... Sequence) I can see that the selected residue is "K" in the sequence.<br>
<br>
The PDB file for 7k3m contains this MODRES line:<br>
<br>
MODRES 7K3M KCX A   71  LYS  MODIFIED RESIDUE<br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
> On Feb 23, 2022, at 11:39 PM, Jacqueline Vitali <<a href="mailto:jackie.vitali@gmail.com" target="_blank">jackie.vitali@gmail.com</a>> wrote:<br>
> <br>
> I have a "residue" KCX (PDB records are Hetatm).  In the sequence alignment it comes as X.  Is there a way to change it to K without making a PDB file and changing it to K there?  Thank you,.<br>
> <br>
> Jackie Vitali<br>
> Cleveland State University<br>
<br>
</blockquote></div>