<div dir="ltr">Hi Elaine,<div><br></div><div>Thank you for the response. I'm working on similar structures with the same number of atoms. I have mentioned below the coordinates of the same atoms in two chains in a pdb. You could see that if I match a specific chain, it gives me a new pdb file with new coordinates. But when I try to match all the atoms or specific atom types. It doesn't perform the alignment. Am I missing something? And about matchmatcher; I prefer to have options to align all atoms or CA atoms or CB atoms. <br><div><br></div><div>Structure 1:</div><div>ATOM     19  N   ASN A   2      12.612  28.406  -9.353<br>ATOM    968  N   ASN B   2      -6.828  36.102  -9.743</div><div><br></div><div>Structure 2:<br></div><div>ATOM      1  N   ASN A   2      -7.732  35.011  -9.283<br>ATOM    873  N   ASN B   2      -0.035  54.442  -9.992</div><div><br></div><div>match #1:.A@CA #0:.B@CA<br>ATOM      1  N   ASN A   2      -7.691  35.166  -9.397<br>ATOM    873  N   ASN B   2       0.155  54.542  -9.986<br></div><div><br></div><div>match #1 #0<br>ATOM      1  N   ASN A   2      12.612  28.406  -9.353<br>ATOM    873  N   ASN B   2      -6.828  36.102  -9.743</div><div><br></div><div>match #1:*@CA #0:*@CA<br>ATOM      1  N   ASN A   2      12.612  28.406  -9.353<br>ATOM    873  N   ASN B   2      -6.828  36.102  -9.743<br><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Catherine</div></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Mar 31, 2022 at 1:25 PM Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">This message was sent from a non-IU address. Please exercise caution when clicking links or opening attachments from external sources.<br>
-------<br>
<br>
Hi Catherine,<br>
If you just give the model number it specifies the all the atoms in the model,for example: <br>
match #1 #0<br>
<br>
However, in most cases this will not work because the two models don't have exactly the same numbers of atoms in exactly the same order for proper pairing.<br>
<br>
Instead you probably want to use the matchmaker command, which will try to figure out the residue pairing for you automatically.  It just uses the alpha-carbons (1 atom per residue).  Example:<br>
<br>
matchmaker #0 #1<br>
<br>
...there are lots of possible options of this command, see<br>
<<a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/mmaker.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/mmaker.html</a>><br>
<br>
See aso the discussion of different ways to superimpose structures, and links therein:<br>
<<a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/superposition.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/superposition.html</a>><br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
> On Mar 31, 2022, at 10:16 AM, Catherine Jenifer Rajam Rajendran via Chimera-users <<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br>
> <br>
> Hi,<br>
> <br>
> I'm trying to use the "match" command to align two protein pdb structures. Instead of specifying which chains or atoms or residues to align, Is there a way to align the whole structure from the command line?<br>
> <br>
> Thanks,<br>
> Catherine<br>
<br>
<br>
</blockquote></div>