
<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>

</head>

<body dir="ltr">

<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;" dir="ltr">

<p>Hello,</p>

<p><br>

</p>

<p>I would like to measure distances between atoms in a structure by using the command line, and not manually by clicking on the atoms and then clicking on "create" button in the Structure Measurements tool.</p>

<p><br>

</p>

<p>I would like to map many distances on the same structure (I performed a crosslinking experiments, so I would now like to map the crosslinks on the structure of my protein of interest<span style="font-size: 12pt;">).</span></p>

<p><span style="font-size: 12pt;"><br>

</span></p>

<p><span style="font-size: 12pt;">I tried something like <i><b>distance #1 :347.A@ca - :323.A@ca</b>

</i>and similar variations, hoping that I could get the distance between CA atoms of residues 347 and 323 of chain A (there are 12 chains in my protein) from model 1. But I couldn't find a good combination of commands to give me a distance.</span></p>

<p><span style="font-size: 12pt;"><br>

</span></p>

<p><span style="font-size: 12pt;">I would highly appreciate any advice. Otherwise, I would have to map manually over 20 crosslinks for each chain... </span></p>

<p><span style="font-size: 12pt;"><br>

</span></p>

<p><span style="font-size: 12pt;">Thank you in advance,</span></p>

<p><span style="font-size: 12pt;">Iva</span></p>

</div>

</body>

</html>