<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">Hi Carlie,<div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">      </span>I am having no trouble reaching/using the Clustal Omega service with Chimera 1.16.  Maybe it was temporary -- does it continue to happen for you?  Does your machine use an HTTP proxy?</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><div class="">--Eric</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">     </span>Eric Pettersen</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">    </span>UCSF Computer Graphics Lab</div></div><div class=""><br class=""><div><br class=""><blockquote type="cite" class=""><div class="">On May 3, 2022, at 8:38 AM, LaLone, Carlie via Chimera-users <<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu" class="">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div class="WordSection1" style="page: WordSection1; caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;"><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">Hello,<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">Could you provide advise on how to remedy the issue below?<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">You are now running Chimera version 1.16 (build 42360).<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">Your previous version was 1.15 (build 42258).<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">Check the release notes for new features and other info.<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">(To access the release notes, use the Help menu to bring up the User's Guide.<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">Then click the 'Documentation index' link and you will then see a link<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">for the release notes.)<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">#0, chain X: fatty acid-binding protein, liver<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">Model 1 (m1_Fruit_fly+3stm+X.pdb) appears to be a protein without secondary structure assignments.<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">Automatically computing assignments using 'ksdssp' and parameter values:<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">  energy cutoff -0.5<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">  minimum helix length 3<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">  minimum strand length 3<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">Use command 'help ksdssp' for more information.<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">Traceback from web service request (connection setup):<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">Traceback (most recent call last):<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">  File "C:\Program Files\Chimera 1.16\share\WebServices\opal_client.py", line 11, in __init__<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">    self._setup(serviceName, opalURL, sessionData)<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">  File "C:\Program Files\Chimera 1.16\share\WebServices\opal_client.py", line 50, in _setup<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">    self.sudsClient = Client(self.serviceURL + "?wsdl", **kw)<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">  File "C:\Program Files\Chimera 1.16\bin\lib\site-packages\suds_jurko-0.6-py2.7.egg\suds\client.py", line 115, in __init__<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">    self.wsdl = reader.open(url)<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">  File "C:\Program Files\Chimera 1.16\bin\lib\site-packages\suds_jurko-0.6-py2.7.egg\suds\reader.py", line 150, in open<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">    d = self.fn(url, self.options)<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">  File "C:\Program Files\Chimera 1.16\bin\lib\site-packages\suds_jurko-0.6-py2.7.egg\suds\wsdl.py", line 136, in __init__<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">    d = reader.open(url)<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">  File "C:\Program Files\Chimera 1.16\bin\lib\site-packages\suds_jurko-0.6-py2.7.egg\suds\reader.py", line 74, in open<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">    d = self.download(url)<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">  File "C:\Program Files\Chimera 1.16\bin\lib\site-packages\suds_jurko-0.6-py2.7.egg\suds\reader.py", line 92, in download<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">    fp = self.options.transport.open(Request(url))<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">  File "C:\Program Files\Chimera 1.16\bin\lib\site-packages\suds_jurko-0.6-py2.7.egg\suds\transport\https.py", line 62, in open<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">    return HttpTransport.open(self, request)<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">  File "C:\Program Files\Chimera 1.16\bin\lib\site-packages\suds_jurko-0.6-py2.7.egg\suds\transport\http.py", line 67, in open<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">    return self.u2open(u2request)<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">  File "C:\Program Files\Chimera 1.16\bin\lib\site-packages\suds_jurko-0.6-py2.7.egg\suds\transport\http.py", line 132, in u2open<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">    return url.open(u2request, timeout=tm)<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">  File "C:\Program Files\Chimera 1.16\bin\lib\urllib2.py", line 435, in open<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">    response = meth(req, response)<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">  File "C:\Program Files\Chimera 1.16\bin\lib\urllib2.py", line 548, in http_response<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">    'http', request, response, code, msg, hdrs)<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">  File "C:\Program Files\Chimera 1.16\bin\lib\urllib2.py", line 467, in error<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">    result = self._call_chain(*args)<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">  File "C:\Program Files\Chimera 1.16\bin\lib\urllib2.py", line 407, in _call_chain<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">    result = func(*args)<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">  File "C:\Program Files\Chimera 1.16\bin\lib\urllib2.py", line 654, in http_error_302<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">    return self.parent.open(new, timeout=req.timeout)<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">  File "C:\Program Files\Chimera 1.16\bin\lib\urllib2.py", line 429, in open<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">    response = self._open(req, data)<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">  File "C:\Program Files\Chimera 1.16\bin\lib\urllib2.py", line 447, in _open<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">    '_open', req)<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">  File "C:\Program Files\Chimera 1.16\bin\lib\urllib2.py", line 407, in _call_chain<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">    result = func(*args)<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">  File "C:\Program Files\Chimera 1.16\bin\lib\urllib2.py", line 1241, in https_open<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">    context=self._context)<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">  File "C:\Program Files\Chimera 1.16\bin\lib\urllib2.py", line 1198, in do_open<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">    raise URLError(err)<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">URLError: <urlopen error [SSL: CERTIFICATE_VERIFY_FAILED] certificate verify failed (_ssl.c:661)><o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">Typically, if you get a TypeError, it's a problem on the remote server<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">and it should be fixed shortly.  If you get a different error or<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">get TypeError consistently for more than a day, please report the<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">problem using the Report a Bug... entry in the Help menu.  Please<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">include the traceback printed above as part of the problem description.<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">Traceback from web application request:<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">Traceback (most recent call last):<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">  File "C:\Program Files\Chimera 1.16\share\WebServices\appWebService.py", line 48, in _initApp<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">    self.backend = Backend(service, url)<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">  File "C:\Program Files\Chimera 1.16\share\WebServices\opal_client.py", line 21, in __init__<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">    raise NonChimeraError("Web service appears "<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">NonChimeraError: Web service appears to be down.  See Reply Log for more details.<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">Service 'opal:ClustalOmegaService' is unavailable.  See Reply Log for more details.<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class="">Thank you,<br class="">Carlie<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-family: "Times New Roman", serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">Carlie A. LaLone, Ph.D.<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">Research Bioinformatician<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">Great Lakes Toxicology and Ecology Division<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">Office of Research and Development<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">U.S. Environmental Protection Agency<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">6201 Congdon Blvd.<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">Duluth, MN, 55804<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">Work: (218)529-5038<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><b class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif; color: red;" class="">BIG NEWS…SeqAPASSv6.0 is now available!!!!!<o:p class=""></o:p></span></b></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">Try the<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="https://seqapass.epa.gov/seqapass/" class=""><span style="color: rgb(5, 99, 193);" class="">Sequence Alignment to Predict Across Species Susceptibility</span></a><span class="Apple-converted-space"> </span>(SeqAPASS) tool and predict chemical susceptibility to hundreds to thousands of species<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></span></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><b class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">Publications<o:p class=""></o:p></span></b></div><ol start="1" type="1" style="margin-bottom: 0in; margin-top: 0in;" class=""><li class="MsoNormal" style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><span style="font-size: 10pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class=""><a href="https://setac.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/etc.5214" class=""><span style="color: rgb(5, 99, 193);" class="">International Consortium to Advance Cross‐Species Extrapolation of the Effects of Chemicals in Regulatory Toxicology</span></a><o:p class=""></o:p></span></li><li class="MsoNormal" style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><span style="font-size: 10pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class=""><a href="https://academic.oup.com/toxsci/article-abstract/180/2/212/6112015" class=""><span style="color: rgb(5, 99, 193);" class="">Integrative Computational Approaches to Inform Relative Bioaccumulation Potential of Per-and Polyfluoroalkyl Substances Across Species</span></a><o:p class=""></o:p></span></li><li class="MsoNormal" style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><span style="font-size: 10pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class=""><a href="https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.est.8b04587" class=""><span style="color: rgb(5, 99, 193);" class="">Evidence for Cross Species Extrapolation of Mammalian-Based High-Throughput Screening Assay Results</span></a><o:p class=""></o:p></span></li><li class="MsoNormal" style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><span style="font-size: 10pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class=""><a href="https://academic.oup.com/toxsci/article/166/1/131/5060571" class=""><span style="color: rgb(5, 99, 193);" class="">In Silico Site-Directed Mutagenesis Informs Species-Specific Predictions of Chemical Susceptibility</span></a><o:p class=""></o:p></span></li><li class="MsoNormal" style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><span style="font-size: 10pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class=""><a href="https://setac.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/etc.3456" class=""><span style="color: rgb(5, 99, 193);" class="">Evaluation of the scientific underpinnings for identifying estrogenic chemicals in nonmammalian taxa<span class="Apple-converted-space"> </span></span></a><o:p class=""></o:p></span></li><li class="MsoNormal" style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><span style="font-size: 10pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class=""><a href="https://academic.oup.com/toxsci/article/153/2/228/2578709" class=""><span style="color: rgb(5, 99, 193);" class="">SeqAPASS: A Web-Based Tool for Addressing the Challenges of Cross-Species Extrapolation<span class="Apple-converted-space"> </span></span></a><o:p class=""></o:p></span></li><li class="MsoNormal" style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><span style="font-size: 10pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class=""><a href="https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0166445X13002312" class=""><span style="color: rgb(5, 99, 193);" class="">Molecular target sequence similarity as a basis for species extrapolation to assess the ecological risk</span></a><o:p class=""></o:p></span></li></ol><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></div><div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></div></div><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class="">_______________________________________________</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class=""><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class="">Chimera-users mailing list:<span class="Apple-converted-space"> </span></span><a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class=""><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class="">Manage subscription:<span class="Apple-converted-space"> </span></span><a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a></div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>