<div dir="ltr">Hi<div><br></div><div>I working on an automated python script to calculate the rmsd between two molecules using rmsd command. I'm using --nogui when running the script. The standard output did not show the rmsd value.<div><br></div><div>When using the chimera gui, I noticed that the rmsd value is shown in the reply log. Is there a way I could save the content of the reply log through python script?</div><div><br></div><div>I found previous post with similar issue that use:</div><div><br></div><div>from chimera.tkgui import saveReplyLog<br></div><div>saveReplyLog(path)<br></div><div><br></div><div> The solution does not work for me though as the text file is empty even though there is content in the reply log.</div><div><br></div><div>Kind Regards</div></div></div>