<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">
<meta name="Generator" content="Microsoft Word 15 (filtered medium)">
<!--[if !mso]><style>v\:* {behavior:url(#default#VML);}
o\:* {behavior:url(#default#VML);}
w\:* {behavior:url(#default#VML);}
.shape {behavior:url(#default#VML);}
</style><![endif]--><style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri",sans-serif;}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-size:10.0pt;}
@page WordSection1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:72.0pt 72.0pt 72.0pt 72.0pt;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>
<body lang="EN-GB" link="blue" vlink="purple" style="word-wrap:break-word">
<div class="WordSection1">
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="color:black">Hi Elaine,<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="color:black"><o:p> </o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="color:black">Thanks for getting back to me so quickly. I’m running Chimera 1.16 and the URL opens to the webpage fine (I ran the Consurf calculation today). I downloaded it from and opened it with Safari,
 but don’t know why the browser would make a difference. Not sure what else to try!<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="color:black"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="color:black">Best wishes,
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="color:black">Emma<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div id="ms-outlook-mobile-signature">
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Pronouns she/her<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">University of Cambridge<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</div>
<div class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center">
<hr size="2" width="98%" align="center">
</div>
<div id="divRplyFwdMsg">
<p class="MsoNormal"><b><span style="color:black">From:</span></b><span style="color:black"> Elaine Meng <meng@cgl.ucsf.edu><br>
<b>Sent:</b> Friday, May 13, 2022 4:20:10 PM<br>
<b>To:</b> Emma Belcher <erb76@cam.ac.uk><br>
<b>Cc:</b> chimera-users@cgl.ucsf.edu <chimera-users@cgl.ucsf.edu><br>
<b>Subject:</b> Re: [Chimera-users] Can't open web file</span> <o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">Hi Emma,<br>
I can only guess it's exactly what the message says, it can't read that URL.<br>
<br>
Possibilities:<br>
- you have a very, very old Chimera that can't read https.  Must use Chimera 1.12 or newer.<br>
- that URL is not available (did you try entering it into a web browser)?  They may only keep results for a certain amount of time. If you did the calculation many days ago, they may have removed the data from their website.  To save the data longer-term after
 a web service calculation, you should open it in Chimera while the data is "fresh" and then save your Chimera session.<br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine  <br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
> On May 13, 2022, at 4:26 AM, Emma Belcher via Chimera-users <chimera-users@cgl.ucsf.edu> wrote:<br>
> <br>
> Hi there, <br>
>  <br>
> I am a complete beginner with Chimera so apologies for the very basic question. I am trying to open a Consurf output which is a .chimerax file. I have downloaded Chimera to do this and have not changed any default settings (running MacOS Monterey 12.2.1).<br>
>  <br>
> When I try to open the file (either by clicking “Open with Chimera” on the file or opening Chimera and going File > Open… and selecting the file), it comes up with the following error message:<br>
>  <br>
> Error reading consurf_1652376787.chimerax:<br>
> Couldn't find url '<a href="https://eur03.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fconsurf.tau.ac.il%2Fresults%2F1652376787%2Fmsa_file_fasta.aln.clustalw&amp;data=05%7C01%7Cerb76%40universityofcambridgecloud.onmicrosoft.com%7Cd986033428f04d52880408da34f42645%7C49a50445bdfa4b79ade3547b4f3986e9%7C0%7C0%7C637880520886351409%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C3000%7C%7C%7C&amp;sdata=tYqnSzxd6dCdFKafpfAGk4AKs1pq2AS1JQmmKcwkuRw%3D&amp;reserved=0">https://eur03.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fconsurf.tau.ac.il%2Fresults%2F1652376787%2Fmsa_file_fasta.aln.clustalw&amp;data=05%7C01%7Cerb76%40universityofcambridgecloud.onmicrosoft.com%7Cd986033428f04d52880408da34f42645%7C49a50445bdfa4b79ade3547b4f3986e9%7C0%7C0%7C637880520886351409%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C3000%7C%7C%7C&amp;sdata=tYqnSzxd6dCdFKafpfAGk4AKs1pq2AS1JQmmKcwkuRw%3D&amp;reserved=0</a>':
 [Errno socket error] [SSL: CERTIFICATE_VERIFY_FAILED] certificate verify failed (_ssl.c:661)<br>
>  <br>
> I have no idea what this means or how to fix it, so would appreciate any tips!<br>
>  <br>
> Thank you, <br>
> Emma Belcher<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>