
<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>

</head>

<body dir="ltr">

<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;" dir="ltr">

<p>Dear All,<br>

<br>

I would like to ask about the hydrogen bonds' built-in configuration<br>

of CHIMERA. <br>

</p>

<p><br>

</p>

<p>Can I possibly have some insight into how it works?<br>

<br>

Regarding the distance and angle constraints do you have any <br>

graphical representation of the conditions.<br>

<br>

I would like to attach a figure and ask if this is the correct<br>

applying configuration regarding the distance and the angle<br>

(hbonds_lst.pdf).<br>

<br>

<br>

Also, I would like to share with you the output <br>

when I compare gmx hbond using GROMACS and <br>

chimera.<br>

<br>

<b>ATTENTION:</b> using gmx hbond I have the connected atoms <br>

via hydrogen, but the two configurations are essentially <br>

different (chimera_(molecules).tga and gromacs_atomonly.tga).<br>

<br>

Thank you in advance.<br>

Kind regards,<br>

Tasos Sourpis<br>

<br>

<br>

<br>

<br>

<br>

<br>

</p>

</div>

</body>

</html>