<div dir="ltr">Dear Chimera<div><br></div><div>Thank you for your support the other day.<br><br>I also apologize for contacting you outside of business hours due to the time difference.<br></div><div><br></div><div>Excuse me,  I have a question about the issue of ligand <span>topology</span> for the docking study.</div><div><br></div><div>ligand: 25-hydroxy cholesterol<br><div><br></div><div>The <span>topology</span> did not match when I used this ligand for the docking study.<br><div><br></div><div>Could you tell me how to solve this problem?<br></div><div><br></div><div>The thing I tried</div><div><br></div><div>1. I tried to add hydrogen atoms on UCSF Chimera by following the URL below, but it did not work<br></div><div><span lang="EN-US" style="font-size:10.5pt;font-family:游明朝,serif"><br></span></div><div><span lang="EN-US" style="font-size:10.5pt;font-family:游明朝,serif">Reference: <a href="https://www.swissparam.ch/SwissParam_gromacs_tutorial.html" style="color:rgb(5,99,193)" target="_blank">https://www.swissparam.ch/SwissParam_gromacs_tutorial.html</a></span></div><div><br></div><div>2.  I tried to change the conformation of the C23-24 part, but </div><div>the situation won't be changed.  </div><div><br></div><div><span style="font-family:游明朝,serif;font-size:14px">Reference:</span><<a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/editing/editing.html#adjust" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/editing/editing.html#adjust</a>><br></div><div><br></div><div> <br></div></div><div><div dir="ltr" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><span style="color:rgb(34,34,34)">------------------------------</span><span style="color:rgb(34,34,34)">------------------------------</span><span style="color:rgb(34,34,34)">---------------</span><br></div><div>Kenji Matsui<br></div><div><span style="color:rgb(34,34,34)"> Graduate School of Tokyo University of Agriculture and Technology　M2</span><br style="color:rgb(34,34,34)"><span style="color:rgb(34,34,34)">2-24-16, Nakamachi, Koganei-shi, Tokyo 184-8588, Japan</span><br style="color:rgb(34,34,34)"><div style="color:rgb(34,34,34)"> Mail: <a href="mailto:s214903z@st.go.tuat.ac.jp" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">s214903z@st.go.tuat.ac.jp</a></div></div></div></div></div></div></div>