<html xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
<meta name="Generator" content="Microsoft Word 15 (filtered medium)">
<style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:DengXian;
        panose-1:2 1 6 0 3 1 1 1 1 1;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:"\@DengXian";
        panose-1:2 1 6 0 3 1 1 1 1 1;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri",sans-serif;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-size:10.0pt;}
@page WordSection1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:72.0pt 72.0pt 72.0pt 72.0pt;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style>
</head>
<body lang="en-DK" link="#0563C1" vlink="#954F72" style="word-wrap:break-word">
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Hi all,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">I tried to fit some models into a large density map using python script for chimera.
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Do you know how to set the VolumeViewer module in python script to show all the surface of the density map like command line”</span></p>
<p class="MsoNormal"><i>volume #1 style surface region all level 0.15 step 1</i><span lang="EN-US">”?
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Here is my python code:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Import chimera<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">import FitMap<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">import VolumeViewer<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">model_list = chimera.openModels.open("test.pdb")<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">em_map = VolumeViewer.open_volume_file("test.mrc")[0]<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US">“python code ” for “</span><i>volume #1 style surface region all level 0.15 step 1</i></b><b><span lang="EN-US">”<o:p></o:p></span></b></p>
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></b></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">model = chimera.selection.ItemizedSelection([model_list[0]])<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">listfit = FitMap.fitcmd.fitmap(model, em_map, resolution=5.0, metric="correlation")<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Thanks and best wishes,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Yumeng<o:p></o:p></span></p>
</div>
</body>
</html>