<div dir="ltr">Dear 

Elaine<div><br></div><div>Thank you for your reply.</div><div><br></div><div>I now know that I have to try it the way you taught me before.<br>　<br>I will try to adjust it again.<br><br>Thank you very much for your kind replies.<br clear="all"><div><div dir="ltr" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><span style="color:rgb(34,34,34)">------------------------------</span><span style="color:rgb(34,34,34)">------------------------------</span><span style="color:rgb(34,34,34)">---------------</span><br></div>松井　健治<div> 東京農工大学大学院 工学府産業技術専攻 修士　2年 </div><div>〒184-8588 東京都小金井市中町2-24-16</div><div> Mail: <a href="mailto:s214903z@st.go.tuat.ac.jp" target="_blank">s214903z@st.go.tuat.ac.jp</a><br></div><div><br></div><div><span style="color:rgb(34,34,34)">Kenji Matsui</span><br style="color:rgb(34,34,34)"><span style="color:rgb(34,34,34)"> Graduate School of Tokyo University of Agriculture and Technology　M2</span><br style="color:rgb(34,34,34)"><span style="color:rgb(34,34,34)">2-24-16, Nakamachi, Koganei-shi, Tokyo 184-8588, Japan</span><br style="color:rgb(34,34,34)"><div style="color:rgb(34,34,34)"> Mail: <a href="mailto:s214903z@st.go.tuat.ac.jp" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">s214903z@st.go.tuat.ac.jp</a></div></div></div></div></div><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">2022年7月28日(木) 0:46 Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>>:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div>Hi Kenji<div>In this latest message, you are using one method that shows the pocket surface only, like in the tutorial.  Your image after step 1 of what you tried looks OK to me:</div><div><img id="m_3475865382630049863m_-9026520289347944951gmail-m_-3658444248058169640<ii_l62xaj6c8>" alt="1edf41f0-9f2e-4921-92fe-19399979fd97.png" style="opacity:1" src="cid:18241a78262c7f269701"></div><div> But if you are not happy with that, I am guessing you do not want this method. </div><div><br></div><div> If you want it to look more like this example image with the labeling "hydrophobic pocket" and "allosteric tunnel"</div><div> <img id="m_3475865382630049863m_-9026520289347944951gmail-m_-3658444248058169640AF66AD77-6930-4FA7-81E8-64D4E3AAACE4" src="cid:18241a78262cb971f162"></div><div><br></div><div><br></div><div>...then you need to use a DIFFERENT method that includes clipping:  </div><div>showing the whole surface of the protein and then using clipping to slice.  </div><div><br></div><div>We already discussed this method, and you were already using this method the first time you asked the question:</div><div><<a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2022-July/018741.html" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2022-July/018741.html</a>></div><div><<a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2022-July/018746.html" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2022-July/018746.html</a>></div><div><br></div><div>With that method, all you can do is to move and rotate the structure and move the clipping (either global clipping plane with Side View tool or surface-only clipping with Per-Model Clipping, both mentioned in previous replies) to try to get a good view.  However, different pockets are different shapes and depending on the shape of your pocket it may not be possible to make an image that clearly shows what you want.</div><div><br></div><div>I hope this helps,</div><div>Elaine</div><div><div>-----<br>Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>UCSF Chimera(X) team<br>Department of Pharmaceutical Chemistry<br>University of California, San Francisco<br></div><br><blockquote type="cite">On Jul 26, 2022, at 6:40 PM, Kenji MATSUI <<a href="mailto:s214903z@st.go.tuat.ac.jp" target="_blank">s214903z@st.go.tuat.ac.jp</a>> wrote:<br><br>Dear Chimera<br><br>Thank you for taking the time to answer my question the other day.<br><br>I'm Kenji Matsui, a second-year master's student at a national university in Japan.<br><br>I am looking at ligand-protein interactions and how they affect binding affinity.<br><br>Therefore, I would like to examine the hydrophobicity and hydrophilicity around the ligand in the figure(third)<br><br>If you know of any, could you please let us know?<br><br>I tried to show what you mentioned in your email.(clip off, mclip)<br><br>I apologize for asking this question so often in your busy schedule, but I would appreciate it if you could confirm it for me.<br><br><span id="m_3475865382630049863m_-9026520289347944951gmail-m_-3658444248058169640cid:ii_l62vtb7e0"><image.png></span>   <span id="m_3475865382630049863m_-9026520289347944951gmail-m_-3658444248058169640cid:ii_l62wbeic2"><image.png></span><br><br>The picture I want to show <br><span id="m_3475865382630049863m_-9026520289347944951gmail-m_-3658444248058169640cid:ii_l62wtrxb6"><image.png></span><br><br>Tried thing <br>1. clip off +~ribbon<br><span id="m_3475865382630049863m_-9026520289347944951gmail-m_-3658444248058169640cid:ii_l62xaj6c8"><1edf41f0-9f2e-4921-92fe-19399979fd97.png></span><br><br>2.m clip <br><span id="m_3475865382630049863m_-9026520289347944951gmail-m_-3658444248058169640cid:ii_l62woz854"><image1.png></span><br><br><br><br><br>.<br>---------------------------------------------------------------------------<br><br><br>Kenji Matsui<br> Graduate School of Tokyo University of Agriculture and Technology　M2<br>2-24-16, Nakamachi, Koganei-shi, Tokyo 184-8588, Japan<br> Mail: <a href="mailto:s214903z@st.go.tuat.ac.jp" target="_blank">s214903z@st.go.tuat.ac.jp</a><br><span id="m_3475865382630049863m_-9026520289347944951gmail-m_-3658444248058169640cid:f_l62w7fxu1"><Hydrohobility_1P8D_LXR_LBD_mono_24,25-epoxycholesterol.pyc></span><br></blockquote><br></div></div></blockquote></div></div>