<div dir="ltr"><div>Dear Chimera</div><div><br></div><div>I am sorry to interrupt your busy schedule.<br><br>My name is Matsui, and I am a second-year master's student at a Japanese university.<br>Thank you for taking time out of your busy schedule to respond to my question the other day.<br><br>We are investigating the buried surface area to see the magnitude of the interaction between protein and ligand.<br><br>For this purpose, I calculated the solvent accessible area of the ligand. However, the value is 9955, which shows the entire surface area of the protein.</div><div><br></div><div>What should I do? I am not in a hurry for answers , so I would appreciate a reply when you have the time.</div><div><br>In this case, the ligand was in the binding pocket of the protein, so I would like to calculate the ligand's solvent contact area = buried surface area.</div><div><br></div><div>I tried to check and tried , but it did not work.</div><div><br></div><div>1.See <a href="https://www.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2009-January/003521.html" target="_blank">https://www.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2009-January/003521.html</a></div><div><br></div><div>2.Try to use <a name="blob" style="color:rgb(0,0,0);font-family:Meiryo">measure blob<b>  </b>using chimera X.</a></div><div><a name="blob" style="color:rgb(0,0,0);font-family:Meiryo"><span style="color:rgb(34,34,34);font-family:Arial,Helvetica,sans-serif">Reference: https://www.cgl.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/measure.html#buriedarea</span><br></a></div><div><a name="blob" style="color:rgb(0,0,0);font-family:Meiryo"><br></a></div><div><a name="blob" style="color:rgb(0,0,0);font-family:Meiryo">However, I didn't know how to solve this command.</a></div><div>Command ;ui mousemode right "pick blobs</div><div><br></div><div>Reference; <a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/ui.html">https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/ui.html</a><br></div><div><div><div dir="ltr" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><span style="color:rgb(34,34,34)">------------------------------</span><span style="color:rgb(34,34,34)">------------------------------</span><span style="color:rgb(34,34,34)">---------------</span></div><div>Kenji Matsui</div><div><span style="color:rgb(34,34,34)"> Graduate School of Tokyo University of Agriculture and Technology　M2</span><br style="color:rgb(34,34,34)"><span style="color:rgb(34,34,34)">2-24-16, Nakamachi, Koganei-shi, Tokyo 184-8588, Japan</span><br style="color:rgb(34,34,34)"><div style="color:rgb(34,34,34)"><br></div></div></div></div></div></div></div>