<div dir="ltr"><div>Dear Elane</div><div><br></div><div>Thank you for your time and response.</div><div><br></div><div>My name is Matsui, and I am a second-year master's student at a Japanese university.<br></div><div><br></div><div> I am also using ChimeraX.</div><div><br></div><div> But first I will try the method you showed me with chimera, and if it doesn't work, I will try it with chimeraX as well.</div><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><span style="color:rgb(34,34,34)">------------------------------</span><span style="color:rgb(34,34,34)">------------------------------</span><span style="color:rgb(34,34,34)">---------------</span></div><div><span style="color:rgb(34,34,34)">Kenji Matsui</span><br style="color:rgb(34,34,34)"><span style="color:rgb(34,34,34)"> Graduate School of Tokyo University of Agriculture and Technology　M2</span><br style="color:rgb(34,34,34)"><span style="color:rgb(34,34,34)">2-24-16, Nakamachi, Koganei-shi, Tokyo 184-8588, Japan</span><br style="color:rgb(34,34,34)"><div style="color:rgb(34,34,34)"> Mail: <a href="mailto:s214903z@st.go.tuat.ac.jp" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">s214903z@st.go.tuat.ac.jp</a></div></div></div></div></div><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">2022年9月6日(火) 23:30 Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>>:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Kenji,<br>
You are using ChimeraX?  I CC'd the ChimeraX address <a href="mailto:chimerax-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimerax-users@cgl.ucsf.edu</a> (different than <a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>).<br>
<br>
The "measure buriedArea" command does not require picking any blobs.  You just specify the parts that you want in the command line.<br>
<<a href="https://www.cgl.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/measure.html#buriedarea" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.cgl.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/measure.html#buriedarea</a>><br>
<br>
So, maybe something like command:<br>
<br>
measure buriedarea protein with ligand<br>
<br>
...but maybe "ligand" doesn't get your ligand.  You would have to use whatever kind of specification works for your ligand, e.g. if residue name is UNK, something like this instead:<br>
<br>
measure buriedarea protein with :UNK<br>
<br>
You sent a Pymol session... I don't use Pymol so I can't open that file, sorry.<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
> On Sep 5, 2022, at 9:45 PM, Kenji MATSUI via Chimera-users <<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br>
> <br>
> Dear Chimera<br>
> <br>
> I am sorry to interrupt your busy schedule.<br>
> <br>
> My name is Matsui, and I am a second-year master's student at a Japanese university.<br>
> Thank you for taking time out of your busy schedule to respond to my question the other day.<br>
> <br>
> We are investigating the buried surface area to see the magnitude of the interaction between protein and ligand.<br>
> <br>
> For this purpose, I calculated the solvent accessible area of the ligand. However, the value is 9955, which shows the entire surface area of the protein.<br>
> <br>
> What should I do? I am not in a hurry for answers , so I would appreciate a reply when you have the time.<br>
> <br>
> In this case, the ligand was in the binding pocket of the protein, so I would like to calculate the ligand's solvent contact area = buried surface area.<br>
> <br>
> I tried to check and tried , but it did not work.<br>
> <br>
> 1.See <a href="https://www.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2009-January/003521.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2009-January/003521.html</a><br>
> <br>
> 2.Try to use measure blob  using chimera X.<br>
> Reference: <a href="https://www.cgl.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/measure.html#buriedarea" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.cgl.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/measure.html#buriedarea</a><br>
> <br>
> However, I didn't know how to solve this command.<br>
> Command ;ui mousemode right "pick blobs<br>
> <br>
> Reference; <a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/ui.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/ui.html</a><br>
> ---------------------------------------------------------------------------<br>
> Kenji Matsui<br>
>  Graduate School of Tokyo University of Agriculture and Technology　M2<br>
> 2-24-16, Nakamachi, Koganei-shi, Tokyo 184-8588, Japan<br>
> <br>
> <Buried_surface_area_LXRα_1UHL_24,25-epoxy_cholesterol (remove LXRβ_1P8D).pse>_______________________________________________<br>
> Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
> Manage subscription: <a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br>
<br>
</blockquote></div>