<div dir="ltr"><div>Dear <span>Chimera </span></div><div><br></div><div>I am sorry to interrupt your busy schedule.<br><br>My name is Matsui, and I am a second-year master's student at a Japanese university.<br>Thank you for taking time out of your busy schedule to respond to my question the other day.</div><div><br></div><div>I am now looking at protein-ligand interactions.</div><div><br></div><div>We found in the paper that His 421 interacted with another ligand.<br><br>Therefore, the interaction between His-421 and the ligand.<br></div><div><br></div><div>Problem :However, no hydrogen bonds were displayed.(first figure)</div><div><br></div><div>I would like you to ask why this is caused.</div><div><br></div><div>----------------------------------------------------------</div><div><detail></div><div>This is because the distance between the His-421 and OH oxygen atoms was 3.7 Å.<br></div><div>A ligand with a structure similar to this one in the paper formed a hydrogen bond with His-421 at 3.8 Å.</div><div><br></div><div>The thing  I tried <br></div><div>The Relax H-bond constraints section was adjusted from 3.0 to 5.0.<br></div><div><br></div><div><br></div><div><img src="cid:ii_l99cibhu0" alt="image.png" width="501" height="298"><br></div><div>you can show this figure when you open the attached file</div><div><br></div><div>Wheat: Ligand  the other color:protein </div><div><br></div><div><img src="cid:ii_l99cin8o1" alt="image.png" width="276" height="329"><br></div><div><br></div><div>H-bond parameter</div><div><img src="cid:ii_l99nyie82" alt="image.png" width="306" height="409"><br></div><div><br></div><div><div dir="ltr" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><span style="color:rgb(34,34,34)">------------------------------</span><span style="color:rgb(34,34,34)">------------------------------</span><span style="color:rgb(34,34,34)">---------------</span><br></div><div><br></div><div><span style="color:rgb(34,34,34)">Kenji Matsui</span><br style="color:rgb(34,34,34)"><span style="color:rgb(34,34,34)"> Graduate School of Tokyo University of Agriculture and Technology　M2</span><br style="color:rgb(34,34,34)"><span style="color:rgb(34,34,34)">2-24-16, Nakamachi, Koganei-shi, Tokyo 184-8588, Japan</span><br style="color:rgb(34,34,34)"><div style="color:rgb(34,34,34)"> Mail: <a href="mailto:s214903z@st.go.tuat.ac.jp" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">s214903z@st.go.tuat.ac.jp</a></div></div></div></div></div></div>