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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">Hi Camille,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">The coordinate files from the PDB are independent of each other and each has its own reference frame; unless a single structure contains a complex of the two proteins, any overlap or contact between them is
 just a coincidence. You can use existing mutational, biophysical, genomic data, etc., to begin to make a testable prediction of the interaction, but ChimeraX is not aware of any of this.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">Best wishes<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">Kevin<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"><o:p> </o:p></span></p>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><b><span style="font-size:12.0pt;color:black">From:
</span></b><span style="font-size:12.0pt;color:black">Chimera-users <chimera-users-bounces@cgl.ucsf.edu> on behalf of Lake, Camille (NIH/NIAID) [C] via Chimera-users <chimera-users@cgl.ucsf.edu><br>
<b>Date: </b>Sunday, October 30, 2022 at 4:42 PM<br>
<b>To: </b>chimera-users@cgl.ucsf.edu <chimera-users@cgl.ucsf.edu><br>
<b>Subject: </b>[Chimera-users] Question regarding protein-protein interactions in ChimeraX<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:12.0pt;color:black">Hello, <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:12.0pt;color:black"><o:p> </o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:12.0pt;color:black">My name is Camille Lake and I have used ChimeraX to model proteins. I was wondering - if I load two completely separate proteins from PDB, what is the nature of their interaction
 as shown by ChimeraX? The two proteins I'm interested in, TIM-3 (5f71) and CEACAM1 (5dzl), are predicted to interact in the literature, but if I load them separately into ChimeraX, is this predicted interaction what displays automatically? It seems that they
 are, but I can't find anywhere on the web whether this is automatically done in ChimeraX. Other proteins I randomly add in generally keep far away from each other in space. <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:12.0pt;color:black"><o:p> </o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:12.0pt;color:black">Thank you, <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:12.0pt;color:black"><o:p> </o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:12.0pt;color:black">Camille<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;color:black"><o:p> </o:p></span></p>
</div>
<div id="Signature">
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Camille Lake, PhD</span><span style="font-size:12.0pt;color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Emerging Leaders in Data Science (ORISE) Fellow</span><span style="font-size:12.0pt;color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID) - Office of Data Science and Emerging Technologies (ODSET)</span><span style="font-size:12.0pt;color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">National Institutes of Health (NIH)</span><span style="font-size:12.0pt;color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">5601 Fishers Lane, 6C5</span><span style="font-size:12.0pt;color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Rockville, MD 20871</span><span style="font-size:12.0pt;color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">camille.lake@nih.gov</span><span style="font-size:12.0pt;color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">301-761-7976</span><span style="font-size:12.0pt;color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">----------------------------------------------</span><span style="font-size:12.0pt;color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;color:black;background:white">The information in this e-mail and any of its attachments is confidential and may contain sensitive information. It should not be used by anyone who is not the original intended
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 that are the sender’s own and not expressly made on behalf of the NIAID by one of its representatives.</span><span style="font-size:12.0pt;color:black"><o:p></o:p></span></p>
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