<div dir="ltr">Thanks, I'll check it out. <br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Nov 3, 2022 at 10:01 PM Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Prathvi,<br>
No, there are no commands for the Modify Structure functions in Chimera.<br>
<br>
In ChimeraX, we have tried harder to make commands for nearly everything you can do in the GUI, so if you use ChimeraX instead, take a look at the "build modify" command:<br>
<<a href="https://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/build.html#modify" rel="noreferrer" target="_blank">https://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/build.html#modify</a>><br>
<br>
See also the ChimeraX "open" command option "forEachFile" to run a ChimeraX command file (file.cxc) on each of many input files.<br>
<<a href="https://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/open.html#forEachFile" rel="noreferrer" target="_blank">https://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/open.html#forEachFile</a>><br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
<br>
> On Nov 3, 2022, at 5:05 AM, Prathvi Singh via Chimera-users <<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br>
> <br>
> Hi Elaine,<br>
> <br>
> Is there a way to run the Modify Structure tool in UCSF Chimera using command line? I want to substitute a S-atom with O-atom in more than 100 structures and doing it for each structure using the GUI looks very time consuming. Please help.<br>
> <br>
> -- <br>
> Prathvi Singh,<br>
> Research Fellow,<br>
> Department of Biological Sciences & Bioengineering,<br>
> Indian Institute of Technology, Kanpur-208016<br>
<br>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">Prathvi Singh,<div>Research Fellow,<br><div>Department of Biological Sciences & Bioengineering,</div><div>Indian Institute of Technology, Kanpur-208016</div></div></div></div></div></div>