
<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>

</head>

<body dir="ltr">

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof">

<br>

</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof">

Is there a way to realign sequences already in a multialign window within a python script? 

<br>

</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof">

I want to do this because the first alignment dome using matchmaker in many cases contains mismatches to the aligned structures. Using the realign option in the menu fixes the problem but I want to do this within a script. <br>

</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof">

<br>

</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof">

I have code that creates the alignment window and then retrieves the instance:</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof ContentPasted0 ContentPasted3">

<br>

</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof ContentPasted0 ContentPasted3">

from chimera.extension import manager

<div class="ContentPasted3">from MultAlignViewer.MAViewer import MAViewer</div>

<div class="ContentPasted3"><br>

</div>

<div class="ContentPasted3 ContentPasted4">runCommand('mm #0 #1 show true')<br>

</div>

<div class="ContentPasted3">mavs = [inst for inst in manager.instances if isinstance(inst, MAViewer)]</div>

<div class="ContentPasted3 ContentPasted5">mymav = mavs[-1]</div>

<div class="ContentPasted3 ContentPasted5"><br>

</div>

<div class="ContentPasted3 ContentPasted5">I tried then to do something like</div>

<div class="ContentPasted3 ContentPasted5">mymav.realign()</div>

<div class="ContentPasted3 ContentPasted5"><br>

</div>

<div class="ContentPasted3 ContentPasted5">However, I don't  know what parameters to put in the realign function, or whether this is the right function to use or whether there is a better way to do this.</div>

<div class="ContentPasted3 ContentPasted5"><br>

</div>

<div class="ContentPasted3 ContentPasted5">Any help would be appreciated<br>

</div>

<div class="ContentPasted3 ContentPasted5"><br>

</div>

<div class="ContentPasted3 ContentPasted5">Thanks</div>

<div class="ContentPasted3 ContentPasted5"><br>

</div>

<div class="ContentPasted3 ContentPasted5">Hernando<br>

</div>

<br>

</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof ContentPasted0 ContentPasted2">

</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof ContentPasted0 ContentPasted1">

<br>

</div>

</body>

</html>