
<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=gb2312">

<style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>

</head>

<body dir="ltr">

<div class="elementToProof"><span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof">Good morning,

<br>

</span></div>

<div class="elementToProof"><span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof">I'm tr</span><span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof">ying

 to use a python script for ChimeraX </span><span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof"><span style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; display: inline !important; background-color: rgb(255, 255, 255);" class="ContentPasted0">version

 1.5, to automate mutageneses on a specific protein. </span><br>

</span></div>

<div class="elementToProof"><span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof">As a first try, it looks like this :</span></div>

<div class="elementToProof"><span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof"><br>

</span></div>

<div class="elementToProof"><span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof">

<div style="color: rgb(212, 212, 212); background-color: rgb(30, 30, 30); font-family: Consolas, "Courier New", monospace; font-weight: normal; font-size: 14px; line-height: 19px;">

<span><span style="color: rgb(197, 134, 192);" class="ContentPasted1">from</span><span class="ContentPasted1"> chimera

</span><span style="color: rgb(197, 134, 192);" class="ContentPasted1">import</span><span class="ContentPasted1"> runCommand

</span><span style="color: rgb(197, 134, 192);" class="ContentPasted1">as</span><span class="ContentPasted1"> rc</span></span>

<div><span class="ContentPasted1">rc(</span><span style="color: rgb(206, 145, 120);" class="ContentPasted1">"open "</span><span class="ContentPasted1"> +

</span><span style="color: rgb(206, 145, 120);" class="ContentPasted1">"hERGts_compiled.pdb"</span><span class="ContentPasted1">)</span></div>

<div><span class="ContentPasted1">rc(</span><span style="color: rgb(206, 145, 120);" class="ContentPasted1">"color red"</span><span class="ContentPasted1">)</span></div>

<span><span class="ContentPasted1">rc(</span><span style="color: rgb(206, 145, 120);" class="ContentPasted1">"surf"</span><span class="ContentPasted1">)</span><span style="color: rgb(244, 71, 71);" class="ContentPasted1">;</span></span></div>

<br>

</span></div>

<div class="elementToProof"><span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof">So it refers to the chimera module for the runCommand. I tried to

 install it on Python through the command pip but it failed : <br>

</span></div>

<div class="elementToProof"><span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof"><br>

</span></div>

<div class="elementToProof"><span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof">################################# Example of my shell while trying

 to install chimera module  #######################<br>

</span></div>

<div class="elementToProof"><span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof ContentPasted2">PS C:> python3 -m pip install chimera

<div class="ContentPasted2">Collecting chimera</div>

<div class="ContentPasted2">  Using cached chimera-0.4.7.tar.gz (355 kB)</div>

<div class="ContentPasted2">  Preparing metadata (setup.py) ... error</div>

<div class="ContentPasted2">  error: subprocess-exited-with-error</div>

<div class="ContentPasted2">  </div>

<div class="ContentPasted2">  ℅ python setup.py egg_info did not run successfully.</div>

<div class="ContentPasted2">  岫 exit code: 1</div>

<div class="ContentPasted2">  系岸> [9 lines of output]</div>

<div class="ContentPasted2">      Traceback (most recent call last):</div>

<div class="ContentPasted2">        File "<string>", line 2, in <module></div>

<div class="ContentPasted2">        File "<pip-setuptools-caller>", line 34, in <module></div>

<div class="ContentPasted2">        File "C:\Users\CE PC\AppData\Local\Temp\pip-install-cfq97mii\chimera_bd7187074876462a9782eded8cb3a816\setup.py", line 1, in <module>

</div>

<div class="ContentPasted2">          import ez_setup</div>

<div class="ContentPasted2">        File "C:\Users\CE PC\AppData\Local\Temp\pip-install-cfq97mii\chimera_bd7187074876462a9782eded8cb3a816\ez_setup.py", line 170</div>

<div class="ContentPasted2">         <span style="background-color: rgb(255, 255, 0);"> print "Setuptools version",version,"or greater has been installed."</span></div>

<div class="ContentPasted2">                ^</div>

<div class="ContentPasted2">      [end of output]</div>

<div><br class="ContentPasted2">

</div>

<div class="ContentPasted2">  note: This error originates from a subprocess, and is likely not a problem with pip.</div>

<div class="ContentPasted2">error: metadata-generation-failed</div>

<div><br class="ContentPasted2">

</div>

<div class="ContentPasted2">℅ Encountered error while generating package metadata.</div>

<div class="ContentPasted2">系岸> See above for output.</div>

<div><br class="ContentPasted2">

</div>

<div class="ContentPasted2">note: This is an issue with the package mentioned above, not pip.</div>

hint: See above for details.</span></div>

<div class="elementToProof"><span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof ContentPasted2">######################################################################################################<br>

</span></div>

<div class="elementToProof"><span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof ContentPasted2"><br>

</span></div>

<div class="elementToProof"><span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof ContentPasted2">So it looks like the temporary file generated has

 an error that doesn't allow the installation of the module, and so I cannot use any command from my script as runCommand is not recognized. There seem to be no mention of this issue in the mail archive but one colleague encountered the same problem, which

 I find strange. Do you have an idea on how to solve this issue ? <br>

</span></div>

<div class="elementToProof"><span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof ContentPasted2"><br>

</span></div>

<div class="elementToProof"><span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof ContentPasted2">Thank you and have a great day,<br>

</span></div>

<div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div id="Signature">

<div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

No谷 Robert,</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Fifth-year student in bioengineering, minor in Bioinformatics and Modelling, at engineering school Polytech Nice Sophia, France</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Phone : +33 7 81 00 52 02</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<i>"let's limit the use of our resources and lighten our mails"</i><br>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div class="elementToProof"><span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof ContentPasted2"><br>

</span></div>

</body>

</html>