<div dir="ltr">Dear Chimera <div><br></div><div>Thank you for answering my question.</div><div><br></div><div>I see.</div><div><br></div><div>Thank you for taking your time.</div><div><div><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><span style="color:rgb(34,34,34)">------------------------------</span><span style="color:rgb(34,34,34)">------------------------------</span><span style="color:rgb(34,34,34)">---------------</span><br></div><div>Kenji Matsui<br></div><div><span style="color:rgb(34,34,34)"> Graduate School of Tokyo University of Agriculture and Technology　M2</span><br style="color:rgb(34,34,34)"><span style="color:rgb(34,34,34)">2-24-16, Nakamachi, Koganei-shi, Tokyo 184-8588, Japan</span><br style="color:rgb(34,34,34)"><div style="color:rgb(34,34,34)"> Mail: <a href="mailto:s214903z@st.go.tuat.ac.jp" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">s214903z@st.go.tuat.ac.jp</a></div></div></div></div></div><br></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">2023年1月11日(水) 5:00 Eric Pettersen <<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu">pett@cgl.ucsf.edu</a>>:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div style="overflow-wrap: break-word;">Hi Kenji,<div><span style="white-space:pre-wrap">      </span>The charge computation that Chimera carries out is actually performed by a separate program (antechamber, from AmberTools).  On Windows, as antechamber executes, that black window appears and will disappear when antechamber finishes.  The computation takes awhile on a molecule as big as the one you're using.  On my 2015 Mac it take 87 seconds to finish.  At any rate, the black window is nothing to worry about.</div><div><br></div><div><div>--Eric</div><div><br></div><div><span style="white-space:pre-wrap">  </span>Eric Pettersen</div><div><span style="white-space:pre-wrap">   </span>UCSF Computer Graphics Lab</div></div><div><br><div><br><blockquote type="cite"><div>On Jan 9, 2023, at 6:38 PM, Kenji MATSUI via Chimera-users <<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:</div><br><div><div dir="ltr"><div>Dear chimera</div><div><br></div><div><div>I am sorry to interrupt your busy schedule.<br><br>My name is Matsui, and I am a second-year master's student at a Japanese university.<br>Thank you for taking time out of your busy schedule to respond to my question the other day.<br><br>We are investigating  interactions between protein and ligand.</div></div><div><br></div><div>I want to optimize the attached file compound. I want to adjust the charge for this purpose.<br></div><div><br></div><div><span id="m_-8568796193702748391cid:ii_lcpk9mtg2"><image.png></span><br></div><div><br></div><div>Question</div><div>However, when I press OK in the first photo section, a black screen appears as in the second photo.In you tube and other videos, I was moved to the save etc. screen. Is the charge optimization done correctly here?</div><div><br></div><div><span id="m_-8568796193702748391cid:ii_lcpk2xhe0"><image.png></span><br></div><br clear="all"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><span style="color:rgb(34,34,34)">------------------------------</span><span style="color:rgb(34,34,34)">------------------------------</span><span style="color:rgb(34,34,34)">---------------</span><br></div><div>Kenji Matsui<br></div><div><span style="color:rgb(34,34,34)"> Graduate School of Tokyo University of Agriculture and Technology　M2</span><br style="color:rgb(34,34,34)"><span style="color:rgb(34,34,34)">2-24-16, Nakamachi, Koganei-shi, Tokyo 184-8588, Japan</span><br style="color:rgb(34,34,34)"><div style="color:rgb(34,34,34)"> Mail: <a href="mailto:s214903z@st.go.tuat.ac.jp" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">s214903z@st.go.tuat.ac.jp</a></div></div></div></div></div></div>
<span id="m_-8568796193702748391cid:f_lcpk8ct51"><OSW-1_inactive_analogue.mol2></span>_______________________________________________<br>Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>Manage subscription: <a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br></div></blockquote></div><br></div></div></blockquote></div>