<div dir="ltr">Apologies for sending it directly to you. I was able to figure out the problem though. I had created an alias named <i>angle </i>due to which whenever I ran the <i>angle </i>command, the alias would run instead of the built-in <i>angle </i>command. I deleted that alias and created a new one with a different name & now everything is working fine.<div><br></div><div>Thanks again for your help</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sun, Jan 8, 2023 at 10:53 PM Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Prathvi,<br>
Please send chimera questions to <a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a> instead of my individual address.  Otherwise, your question may fall through the cracks and not get any answers.<br>
<br>
This all works fine for me in Chimera 1.16 release, e.g. commands:<br>
<br>
open 5fzp<br>
define plane :252.B & aromatic ring<br>
define plane :261.B & aromatic ring<br>
angle p1 p2<br>
<br>
...then the Reply Log contains:<br>
<br>
0, chain A: DAIP<br>
#0, chain B: DAIP<br>
5fzp opened<br>
plane name, ID, center, normal, radius: plane: p1 ( 46.248,  56.206,  31.842) ( 0.547, -0.816,  0.186) 1.399<br>
plane name, ID, center, normal, radius: plane: p2 ( 46.861,  61.257,  27.361) ( 0.280,  0.020, -0.960) 1.403<br>
Angle between p1 and p2 is 87.643<br>
<br>
I don't know which part you did wrong.<br>
Best,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
<br>
> On Jan 7, 2023, at 5:23 AM, Prathvi Singh <<a href="mailto:prathvi@iitk.ac.in" target="_blank">prathvi@iitk.ac.in</a>> wrote:<br>
> <br>
> I was using chimera 1.15rc 4 bit but I now installed chimera 1.16 64 bit. I am still getting the mangled atom specifier error.<br>
> <br>
> On Thu, Jan 5, 2023 at 10:04 PM Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br>
> <br>
> <br>
> > On Jan 5, 2023, at 12:28 AM, Prathvi Singh <<a href="mailto:prathvi@iitk.ac.in" target="_blank">prathvi@iitk.ac.in</a>> wrote:<br>
> > <br>
> > Hi Elaine,<br>
> > <br>
> > I am defining two separate planes for the aromatic carbon atoms of TYR252.B & TYR261.B in PDB ID:5FZP.<br>
> > To find the angle between the two planes, I am using the command: angle p1 p2 <br>
> > However, I am getting the error: mangled atom specifier<br>
> > <br>
> > I followed this thread: <a href="https://www.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2016-June/012404.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2016-June/012404.html</a><br>
> > Here you mentioned that angle between two planes can be found using the same command mentioned above. However, it is not working in my case. Please help. <br>
> > -- <br>
> > Prathvi Singh,<br>
> > Research Fellow,<br>
> > Department of Biological Sciences & Bioengineering,<br>
> > Indian Institute of Technology, Kanpur-208016<br>
> <br>
> Hi Prathvi,<br>
> Please clarify which program you are using, or be sure to send Chimera questions to <a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a> and ChimeraX questions to <a href="mailto:chimerax-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimerax-users@cgl.ucsf.edu</a>.  If you are using ChimeraX then you cannot specify the plane by something like p1 but instead you need the model number. In Chimera, that command works fine for me.<br>
> Best,<br>
> Elaine<br>
> <br>
> <br>
> <br>
> <br>
> -- <br>
> Prathvi Singh,<br>
> Research Fellow,<br>
> Department of Biological Sciences & Bioengineering,<br>
> Indian Institute of Technology, Kanpur-208016<br>
<br>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">Prathvi Singh,<div>Research Fellow,<br><div>Department of Biological Sciences & Bioengineering,</div><div>Indian Institute of Technology, Kanpur-208016</div></div></div></div></div></div>