<div dir="ltr"><div>Dear Eric,</div><div><br></div><div>Here with I am attached the structure I phosphorylated, please kindly help regarding this.</div><div><br></div><div><br></div><div>Thank you!</div><div><br></div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Jan 24, 2023 at 7:01 AM Eric Pettersen <<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu">pett@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div style="overflow-wrap: break-word;">Hi Selva,<div><span style="white-space:pre-wrap">  </span>I am able to carry out minimization without problem on 1G6G, which has a TPO residue.  Does your TPO residue and its adjacent residues have all their atoms present?  You might have to send me the structure if that's not the problem.</div><div><br></div><div><div>--Eric</div><div><br></div><div><span style="white-space:pre-wrap"> </span>Eric Pettersen</div><div><span style="white-space:pre-wrap">   </span>UCSF Computer Graphics Lab</div></div><div><br><div><br><blockquote type="cite"><div>On Jan 21, 2023, at 4:29 AM, SELVA BABU SELVAMANI via Chimera-users <<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:</div><br><div><div dir="ltr"><div>Dear Developers,</div><div><br></div><div>I did phosphorylation of amino acid in protein, then I was about to  do energy minimization using Chimera MINIMIZE STRUCTURE module, but it is throwing the error ( I mentioned below ).</div><div><br></div><div>****************************************************<br>Running PARMCHK for PP.pdb<br>Using main parameter file parm10.dat modified by heme-iron.frcmod, frcmod.ff14SB, frcmod.ionsjc_tip3p<br><font size="4"><b>Chimera/MMTK cannot minimize structure, probably because there is no parameter for ''No parameters for bond Atom 0.TPO_144__0_0_1_145.N (atom type n) - Atom 0.GLN_143__0_0_1_144.peptide.C (atom type C)''</b></font></div><div><font size="4"><b>********************************************</b></font></div><div><br></div><div><font size="4"><b>Please help me to sort out the issue.</b></font></div><div><br></div><div><font size="4">I also tried to do phosphorylate using Chimera, even that structure also getting the same error while doing energy minimization.</font><br></div><div>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><span style="color:rgb(0,0,255)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><b>Have a nice day,</b></span></span></div><div dir="ltr">Thanks & Regards,<div><font color="#ff0000"><b><font size="4">SELVA BABU S</font></b></font></div>M.Sc Scholar (Bioinformatics)</div><div dir="ltr"><div><b>TNAU, Coimbatore<br></b></div></div></div></div></div></div>
_______________________________________________<br>Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>Manage subscription: <a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br></div></blockquote></div><br></div></div></blockquote></div><br clear="all"><br>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><span style="color:rgb(0,0,255)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><b>Have a nice day,</b></span></span></div><div dir="ltr">Thanks & Regards,<div><font color="#ff0000"><b><font size="4">SELVA BABU S</font></b></font></div>M.Sc Scholar (Bioinformatics)</div><div dir="ltr"><div><b>TNAU, Coimbatore<br></b></div></div></div></div>