<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
<meta name="Generator" content="Microsoft Word 15 (filtered medium)">
<!--[if !mso]><style>v\:* {behavior:url(#default#VML);}
o\:* {behavior:url(#default#VML);}
w\:* {behavior:url(#default#VML);}
.shape {behavior:url(#default#VML);}
</style><![endif]--><style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
{font-family:"Cambria Math";
panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
{font-family:Calibri;
panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
{font-family:"Helvetica Neue";
panose-1:2 0 5 3 0 0 0 2 0 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
{margin:0cm;
font-size:10.0pt;
font-family:"Calibri",sans-serif;}
a:link, span.MsoHyperlink
{mso-style-priority:99;
color:blue;
text-decoration:underline;}
span.EmailStyle18
{mso-style-type:personal-reply;
font-family:"Calibri",sans-serif;
color:windowtext;}
.MsoChpDefault
{mso-style-type:export-only;
font-size:10.0pt;}
@page WordSection1
{size:612.0pt 792.0pt;
margin:72.0pt 72.0pt 72.0pt 72.0pt;}
div.WordSection1
{page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>
<body lang="EN-US" link="blue" vlink="purple" style="word-wrap:break-word">
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">Ah, well I don’t actually know anything about MMTK so probably can’t provide any more specific “help”, but your problem looks a lot like one reported a few years ago<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"><a href="https://www.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2017-February/013194.html">https://www.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2017-February/013194.html</a><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">so you could try starting from there for a solution. It’s helpful if you include your error message as text in your emails rather than a screenshot so that it will be searchable by future users.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">Best wishes<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">Kevin<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"><o:p> </o:p></span></p>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><b><span style="font-size:12.0pt;color:black">From:
</span></b><span style="font-size:12.0pt;color:black">Alaa Nahhas <anahhas@kau.edu.sa><br>
<b>Date: </b>Friday, February 3, 2023 at 12:59 PM<br>
<b>To: </b>Dr. Kevin M Jude <kjude@stanford.edu><br>
<b>Cc: </b>chimera-users <chimera-users@cgl.ucsf.edu><br>
<b>Subject: </b>Re: [Chimera-users] minimization error<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:18.0pt;color:#38761D">Please find the attached pdb file for the peptide. I just need the minimized step.<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:18.0pt;color:#38761D">Thanks<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"><o:p> </o:p></span></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" dir="RTL" style="text-align:right;direction:rtl;unicode-bidi:embed">
<span dir="RTL"></span><span dir="RTL"></span><span lang="AR-SA" style="font-size:11.0pt"><span dir="RTL"></span><span dir="RTL"></span>في الجمعة، 3 فبراير 2023 في 11:50 م تمت كتابة ما يلي بواسطة </span><span dir="LTR" style="font-size:11.0pt">Alaa Nahhas</span><span dir="RTL"></span><span dir="RTL"></span><span lang="AR-SA" style="font-size:11.0pt"><span dir="RTL"></span><span dir="RTL"></span>
<<a href="mailto:anahhas@kau.edu.sa"><span lang="EN-US" dir="LTR">anahhas@kau.edu.sa</span></a>>:</span><span dir="LTR" style="font-size:11.0pt"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<blockquote style="border:none;border-left:solid #CCCCCC 1.0pt;padding:0cm 0cm 0cm 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0cm">
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:18.0pt;color:#38761D">It does work with other peptides that contain Aib. Can I send to you the pdb file to check it.<span lang="AR-SA" dir="RTL"><o:p></o:p></span></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:18.0pt;color:#38761D">Thanks,<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"><o:p> </o:p></span></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" dir="RTL" style="text-align:right;direction:rtl;unicode-bidi:embed">
<span dir="RTL"></span><span dir="RTL"></span><span lang="AR-SA" style="font-size:11.0pt"><span dir="RTL"></span><span dir="RTL"></span>في الجمعة، 3 فبراير 2023 في 11:47 م تمت كتابة ما يلي بواسطة </span><span dir="LTR" style="font-size:11.0pt">Dr. Kevin M
Jude</span><span dir="RTL"></span><span dir="RTL"></span><span lang="AR-SA" style="font-size:11.0pt"><span dir="RTL"></span><span dir="RTL"></span> <<a href="mailto:kjude@stanford.edu" target="_blank"><span lang="EN-US" dir="LTR">kjude@stanford.edu</span></a>>:</span><span dir="LTR" style="font-size:11.0pt"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<blockquote style="border:none;border-left:solid #CCCCCC 1.0pt;padding:0cm 0cm 0cm 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0cm">
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt">It looks like your peptide contains the nonstandard amino acid alpha-aminoisobutyric acid (AIB), and chimera doesn’t have a dictionary for it.<span lang="AR-SA" dir="RTL"><o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span dir="LTR"></span><span dir="LTR"></span><span style="font-size:11.0pt"><span dir="LTR"></span><span dir="LTR"></span> <o:p></o:p></span></p>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:12.0pt"><b><span style="font-size:12.0pt;color:black">From:
</span></b><span style="font-size:12.0pt;color:black">Chimera-users <<a href="mailto:chimera-users-bounces@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimera-users-bounces@cgl.ucsf.edu</a>> on behalf of Alaa Nahhas via Chimera-users <<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>><br>
<b>Date: </b>Friday, February 3, 2023 at 12:38 PM<br>
<b>To: </b>chimera-users <<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>><br>
<b>Subject: </b>Re: [Chimera-users] minimization error</span><span style="font-size:11.0pt"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:18.0pt;color:#38761D">Dear Elaine,</span><span style="font-size:11.0pt"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:18.0pt;color:#38761D">The version is updated. I don't know why this message appears?</span><span style="font-size:11.0pt"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:18.0pt;color:#38761D">Thanks,</span><span style="font-size:11.0pt"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:18.0pt;color:#38761D">Alaa</span><span style="font-size:11.0pt"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:18.0pt;color:#38761D"> </span><span style="font-size:11.0pt"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt"> <o:p></o:p></span></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" dir="RTL" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;text-align:right;direction:rtl;unicode-bidi:embed">
<span dir="RTL"></span><span dir="RTL"></span><span lang="AR-SA" style="font-size:11.0pt"><span dir="RTL"></span><span dir="RTL"></span>في الجمعة، 3 فبراير 2023 في 11:07 م تمت كتابة ما يلي بواسطة </span><span dir="LTR" style="font-size:11.0pt">Elaine Meng</span><span dir="RTL"></span><span dir="RTL"></span><span lang="AR-SA" style="font-size:11.0pt"><span dir="RTL"></span><span dir="RTL"></span>
<<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank"><span lang="EN-US" dir="LTR">meng@cgl.ucsf.edu</span></a><span dir="RTL"></span><span dir="RTL"></span><span dir="RTL"></span><span dir="RTL"></span>>:</span><span dir="LTR" style="font-size:11.0pt"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<blockquote style="border:none;border-left:solid #CCCCCC 1.0pt;padding:0cm 0cm 0cm 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-top:5.0pt;margin-right:0cm;margin-bottom:5.0pt">
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt">Dear Alaa, <span lang="AR-SA" dir="RTL"><o:p></o:p></span></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt">Forwarding your question. However, when you get a Chimera error and you think it may be a bug, instead of using e-mail it is usually more helpful
to use the Chimera menu: Help... Report a Bug. Also make sure you are using a recent version of Chimera. If you haven't updated in a while, you should try the newest release, then if you still get the error, you could report it.<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt">Best,<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt">Elaine<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt"> <o:p></o:p></span></p>
<div>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt">Begin forwarded message:<o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt"> <o:p></o:p></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Helvetica Neue";color:black">From:
</span></b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Helvetica Neue"">Alaa Nahhas <<a href="mailto:anahhas@kau.edu.sa" target="_blank">anahhas@kau.edu.sa</a>></span><span style="font-size:11.0pt"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Helvetica Neue";color:black">Date:
</span></b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Helvetica Neue"">February 3, 2023 at 12:00:13 PM PST</span><span style="font-size:11.0pt"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:18.0pt;color:#38761D">Dear Chimera team,</span><span style="font-size:11.0pt"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:18.0pt;color:#38761D">I have a peptide and when I minimize its structure, I got the attached message. How can I solve it.</span><span style="font-size:11.0pt"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:18.0pt;color:#38761D">Thanks,</span><span style="font-size:11.0pt"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:18.0pt;color:#38761D">Alaa</span><span style="font-size:11.0pt"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt"> <o:p></o:p></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:gray">Disclaimer: The information contained in this message is intended for the addressee only and may contain
classified information. If you are not the addressee, please delete this message and notify the sender; you should not copy or distribute this message or disclose its contents to anyone. Any views or opinions expressed in this message are those of the individual(s)
and not necessarily of the university. No reliance may be placed on this message without written confirmation from an authorized representative of its contents. No guarantee is implied that this message or any attachment is virus free or has not been intercepted
and amended. </span><span style="font-size:11.0pt"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:gray">إخلاء مسؤليه: ان جميع المعلومات المتضمنة في هذه الرسالة تخص المستلم، وربما تتضمن معلومات سرية، واذا لم
تكن انت المستلم فالرجاء الغاء الرسالة واشعار المرسل، كما يمنع نسخ او توزيع هذه الرسالة او افشاء محتوياتها لاخرين. ويجدر بالعلم ان جميع الآراء ووجهات النظر الواردة في هذه الرسالة تعتبر شخصية وليست بالضرورة منسوبة للجامعة. كما لايمكن ان يعتمد على هذه الرسالة
ما لم تحصل على موافقة خطية من المسئول عن محتوياتها. كما لايوجد ضمان بان هذه الرسالة أو مرفقاتها خالية من الفيروسات أو انها لم يتم اعتراضها وتعديلها</span><span style="font-size:11.0pt"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</blockquote>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt"><img border="0" width="439" height="178" style="width:4.5729in;height:1.8541in" id="m_6624749811300994387m_1005632364665205803m_-67730438244525856521380AE50-938D-4FD6-B6F6-930A9162CAC8" src="cid:1861909892f8478f6f91"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt"> <o:p></o:p></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:gray">Disclaimer: The information contained in this message is intended for the addressee only and may contain
classified information. If you are not the addressee, please delete this message and notify the sender; you should not copy or distribute this message or disclose its contents to anyone. Any views or opinions expressed in this message are those of the individual(s)
and not necessarily of the university. No reliance may be placed on this message without written confirmation from an authorized representative of its contents. No guarantee is implied that this message or any attachment is virus free or has not been intercepted
and amended. </span><span style="font-size:11.0pt"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:gray">إخلاء مسؤليه: ان جميع المعلومات المتضمنة في هذه الرسالة تخص المستلم، وربما تتضمن معلومات سرية، واذا لم
تكن انت المستلم فالرجاء الغاء الرسالة واشعار المرسل، كما يمنع نسخ او توزيع هذه الرسالة او افشاء محتوياتها لاخرين. ويجدر بالعلم ان جميع الآراء ووجهات النظر الواردة في هذه الرسالة تعتبر شخصية وليست بالضرورة منسوبة للجامعة. كما لايمكن ان يعتمد على هذه الرسالة
ما لم تحصل على موافقة خطية من المسئول عن محتوياتها. كما لايوجد ضمان بان هذه الرسالة أو مرفقاتها خالية من الفيروسات أو انها لم يتم اعتراضها وتعديلها</span><span style="font-size:11.0pt"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
</blockquote>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"><o:p> </o:p></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:gray">Disclaimer: The information contained in this message is intended for the addressee only and may contain classified information. If you are not the addressee, please
delete this message and notify the sender; you should not copy or distribute this message or disclose its contents to anyone. Any views or opinions expressed in this message are those of the individual(s) and not necessarily of the university. No reliance
may be placed on this message without written confirmation from an authorized representative of its contents. No guarantee is implied that this message or any attachment is virus free or has not been intercepted and amended. </span><span style="font-size:11.0pt"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"><o:p> </o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:gray">إخلاء مسؤليه: ان جميع المعلومات المتضمنة في هذه الرسالة تخص المستلم، وربما تتضمن معلومات سرية، واذا لم تكن انت المستلم فالرجاء الغاء الرسالة واشعار المرسل، كما يمنع
نسخ او توزيع هذه الرسالة او افشاء محتوياتها لاخرين. ويجدر بالعلم ان جميع الآراء ووجهات النظر الواردة في هذه الرسالة تعتبر شخصية وليست بالضرورة منسوبة للجامعة. كما لايمكن ان يعتمد على هذه الرسالة ما لم تحصل على موافقة خطية من المسئول عن محتوياتها. كما لايوجد
ضمان بان هذه الرسالة أو مرفقاتها خالية من الفيروسات أو انها لم يتم اعتراضها وتعديلها</span><span style="font-size:11.0pt"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"><o:p> </o:p></span></p>
</div>
</div>
</body>
</html>