<div dir="rtl"><div class="gmail_default" style="font-size:large;color:#38761d" dir="ltr">Please find the attached pdb file for the peptide. I just need the minimized step.</div><div class="gmail_default" style="font-size:large;color:#38761d" dir="ltr">Thanks</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="rtl" class="gmail_attr">في الجمعة، 3 فبراير 2023 في 11:50 م تمت كتابة ما يلي بواسطة Alaa Nahhas <<a href="mailto:anahhas@kau.edu.sa">anahhas@kau.edu.sa</a>>:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="rtl"><div class="gmail_default" style="font-size:large;color:rgb(56,118,29)" dir="ltr">It does work with other peptides that contain Aib. Can I send to you the pdb file to check it.</div><div class="gmail_default" style="font-size:large;color:rgb(56,118,29)" dir="ltr">Thanks,</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="rtl" class="gmail_attr">في الجمعة، 3 فبراير 2023 في 11:47 م تمت كتابة ما يلي بواسطة Dr. Kevin M Jude <<a href="mailto:kjude@stanford.edu" target="_blank">kjude@stanford.edu</a>>:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div>
<div lang="EN-US">
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">It looks like your peptide contains the nonstandard amino acid alpha-aminoisobutyric acid (AIB), and chimera doesn’t have a dictionary for it.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p>
<div style="border-right:none;border-bottom:none;border-left:none;border-top:1pt solid rgb(181,196,223);padding:3pt 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12pt"><b><span style="font-size:12pt;color:black">From:
</span></b><span style="font-size:12pt;color:black">Chimera-users <<a href="mailto:chimera-users-bounces@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimera-users-bounces@cgl.ucsf.edu</a>> on behalf of Alaa Nahhas via Chimera-users <<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>><br>
<b>Date: </b>Friday, February 3, 2023 at 12:38 PM<br>
<b>To: </b>chimera-users <<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>><br>
<b>Subject: </b>Re: [Chimera-users] minimization error<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:18pt;color:rgb(56,118,29)">Dear Elaine,<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:18pt;color:rgb(56,118,29)">The version is updated. I don't know why this message appears?<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:18pt;color:rgb(56,118,29)">Thanks,<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:18pt;color:rgb(56,118,29)">Alaa<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:18pt;color:rgb(56,118,29)"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" dir="RTL" style="text-align:right;direction:rtl;unicode-bidi:embed">
<span dir="RTL"></span><span dir="RTL"></span><span lang="AR-SA" style="font-size:11pt"><span dir="RTL"></span><span dir="RTL"></span>في الجمعة، 3 فبراير 2023 في 11:07 م تمت كتابة ما يلي بواسطة </span><span dir="LTR" style="font-size:11pt">Elaine Meng</span><span dir="RTL"></span><span dir="RTL"></span><span lang="AR-SA" style="font-size:11pt"><span dir="RTL"></span><span dir="RTL"></span>
<<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank"><span lang="EN-US" dir="LTR">meng@cgl.ucsf.edu</span></a>>:</span><span dir="LTR" style="font-size:11pt"><u></u><u></u></span></p>
</div>
<blockquote style="border-top:none;border-right:none;border-bottom:none;border-left:1pt solid rgb(204,204,204);padding:0cm 0cm 0cm 6pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0cm">
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">Dear Alaa, <span lang="AR-SA" dir="RTL"><u></u><u></u></span></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">Forwarding your question. However, when you get a Chimera error and you think it may be a bug, instead of using e-mail it is usually more helpful to use the Chimera menu: Help... Report a Bug. Also make
sure you are using a recent version of Chimera. If you haven't updated in a while, you should try the newest release, then if you still get the error, you could report it.<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">Best,<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">Elaine<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p>
<div>
<blockquote style="margin-top:5pt;margin-bottom:5pt">
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">Begin forwarded message:<u></u><u></u></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:11pt;font-family:"Helvetica Neue";color:black">From:
</span></b><span style="font-size:11pt;font-family:"Helvetica Neue"">Alaa Nahhas <<a href="mailto:anahhas@kau.edu.sa" target="_blank">anahhas@kau.edu.sa</a>></span><span style="font-size:11pt"><u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:11pt;font-family:"Helvetica Neue";color:black">Date:
</span></b><span style="font-size:11pt;font-family:"Helvetica Neue"">February 3, 2023 at 12:00:13 PM PST</span><span style="font-size:11pt"><u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:18pt;color:rgb(56,118,29)">Dear Chimera team,<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:18pt;color:rgb(56,118,29)">I have a peptide and when I minimize its structure, I got the attached message. How can I solve it.<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:18pt;color:rgb(56,118,29)">Thanks,<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:18pt;color:rgb(56,118,29)">Alaa<u></u><u></u></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Arial,sans-serif;color:gray">Disclaimer: The information contained in this message is intended for the addressee only and may contain classified information. If you are not the addressee, please
delete this message and notify the sender; you should not copy or distribute this message or disclose its contents to anyone. Any views or opinions expressed in this message are those of the individual(s) and not necessarily of the university. No reliance
may be placed on this message without written confirmation from an authorized representative of its contents. No guarantee is implied that this message or any attachment is virus free or has not been intercepted and amended. </span><span style="font-size:11pt"><u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Arial,sans-serif;color:gray">إخلاء مسؤليه: ان جميع المعلومات المتضمنة في هذه الرسالة تخص المستلم، وربما تتضمن معلومات سرية، واذا لم تكن انت المستلم فالرجاء الغاء الرسالة واشعار المرسل، كما يمنع
نسخ او توزيع هذه الرسالة او افشاء محتوياتها لاخرين. ويجدر بالعلم ان جميع الآراء ووجهات النظر الواردة في هذه الرسالة تعتبر شخصية وليست بالضرورة منسوبة للجامعة. كما لايمكن ان يعتمد على هذه الرسالة ما لم تحصل على موافقة خطية من المسئول عن محتوياتها. كما لايوجد
ضمان بان هذه الرسالة أو مرفقاتها خالية من الفيروسات أو انها لم يتم اعتراضها وتعديلها</span><span style="font-size:11pt"><u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
</div>
</blockquote>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"><img border="0" width="439" height="178" style="width: 4.5729in; height: 1.8541in;" id="m_6624749811300994387m_1005632364665205803m_-67730438244525856521380AE50-938D-4FD6-B6F6-930A9162CAC8" src="cid:1861909892f8478f6f91"><u></u><u></u></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Arial,sans-serif;color:gray">Disclaimer: The information contained in this message is intended for the addressee only and may contain classified information. If you are not the addressee, please
delete this message and notify the sender; you should not copy or distribute this message or disclose its contents to anyone. Any views or opinions expressed in this message are those of the individual(s) and not necessarily of the university. No reliance
may be placed on this message without written confirmation from an authorized representative of its contents. No guarantee is implied that this message or any attachment is virus free or has not been intercepted and amended. </span><span style="font-size:11pt"><u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Arial,sans-serif;color:gray">إخلاء مسؤليه: ان جميع المعلومات المتضمنة في هذه الرسالة تخص المستلم، وربما تتضمن معلومات سرية، واذا لم تكن انت المستلم فالرجاء الغاء الرسالة واشعار المرسل، كما يمنع
نسخ او توزيع هذه الرسالة او افشاء محتوياتها لاخرين. ويجدر بالعلم ان جميع الآراء ووجهات النظر الواردة في هذه الرسالة تعتبر شخصية وليست بالضرورة منسوبة للجامعة. كما لايمكن ان يعتمد على هذه الرسالة ما لم تحصل على موافقة خطية من المسئول عن محتوياتها. كما لايوجد
ضمان بان هذه الرسالة أو مرفقاتها خالية من الفيروسات أو انها لم يتم اعتراضها وتعديلها</span><span style="font-size:11pt"><u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
</div>
</div>
</div></blockquote></div>
</blockquote></div>
<br>
<div><font color="#808080" face="Arial, Helvetica, sans-serif">Disclaimer: The information contained in this message is intended for the addressee only and may contain classified information. If you are not the addressee, please delete this message and notify the sender; you should not copy or distribute this message or disclose its contents to anyone. Any views or opinions expressed in this message are those of the individual(s) and not necessarily of the university. No reliance may be placed on this message without written confirmation from an authorized representative of its contents. No guarantee is implied that this message or any attachment is virus free or has not been intercepted and amended. </font></div><div><font color="#808080" face="Arial, Helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font color="#808080" face="Arial, Helvetica, sans-serif">إخلاء مسؤليه: ان جميع المعلومات المتضمنة في هذه الرسالة تخص المستلم، وربما تتضمن معلومات سرية، واذا لم تكن انت المستلم فالرجاء الغاء الرسالة واشعار المرسل، كما يمنع نسخ او توزيع هذه الرسالة او افشاء محتوياتها لاخرين. ويجدر بالعلم ان جميع الآراء ووجهات النظر الواردة في هذه الرسالة تعتبر شخصية وليست بالضرورة منسوبة للجامعة. كما لايمكن ان يعتمد على هذه الرسالة ما لم تحصل على موافقة خطية من المسئول عن محتوياتها. كما لايوجد ضمان بان هذه الرسالة أو مرفقاتها خالية من الفيروسات أو انها لم يتم اعتراضها وتعديلها</font></div><div><br></div>