<div style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:Arial"><div><i style="font-family: arial; white-space: pre-wrap;">Dear Chimera list,</i></div><pre><div><i>I'm Interested in finding and showing the distance of N-terminal and C-terminal between two proteins.</i></div><div>As I can't download GUI so I use "chimera --nogui" to compute them.</div><div>That's my command:</div><div>open protein.pdb</div><div><pre style="box-sizing: border-box; overflow: auto; font-family: monospace; padding: 1px 0px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; line-height: inherit; word-break: break-all; border: 0px; border-radius: 0px; vertical-align: baseline;">sel:1.Ln;
measure center sel mark True radius 0.3 color cyan modelId 1;

sel:1.S2;

measure center sel mark True radius 0.3 color cyan modelId 2;

sel:390.Lz;

measure center sel mark True radius 0.3 color cyan modelId 3;

sel:44.LH;

measure center sel mark True radius 0.3 color cyan modelId 4;

<pre style="box-sizing: border-box; overflow: auto; font-family: monospace; padding: 1px 0px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; line-height: inherit; word-break: break-all; border: 0px; border-radius: 0px; vertical-align: baseline;">
distance #1 #3;

define axis name Ln_N_Lz_C #1 #3;

distance #1 #4;

define axis name Ln_N_LH_C #1 #4;

distance #2 #3;

define axis name S2_N_Lz_C #2 #3;</pre>
<pre style="font-family: monospace; box-sizing: border-box; overflow: auto; padding: 1px 0px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; line-height: inherit; word-break: break-all; border: 0px; border-radius: 0px; vertical-align: baseline;">distance #2 #4;

define axis name S2_N_LH_C #2 #4;</pre><pre style="font-family: monospace; box-sizing: border-box; overflow: auto; padding: 1px 0px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; line-height: inherit; word-break: break-all; border: 0px; border-radius: 0px; vertical-align: baseline;"><br></pre><pre style="font-family: monospace; box-sizing: border-box; overflow: auto; padding: 1px 0px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; line-height: inherit; word-break: break-all; border: 0px; border-radius: 0px; vertical-align: baseline;">stop</pre><pre style="font-family: monospace; box-sizing: border-box; overflow: auto; padding: 1px 0px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; line-height: inherit; word-break: break-all; border: 0px; border-radius: 0px; vertical-align: baseline;"><br></pre><pre style="font-family: monospace; box-sizing: border-box; overflow: auto; padding: 1px 0px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; line-height: inherit; word-break: break-all; border: 0px; border-radius: 0px; vertical-align: baseline;">But I found that when I input "distance" and "define axis" the terminal shows that "Must specifiy at least two atoms/centroids to define an axis".</pre><pre style="font-family: monospace; box-sizing: border-box; overflow: auto; padding: 1px 0px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; line-height: inherit; word-break: break-all; border: 0px; border-radius: 0px; vertical-align: baseline;"><img src="cid:4e8079ef$1$1862a11c243$Coremail$squirrel_dock$163.com" style="vertical-align: bottom; width: 490px; height: 29px;" data-hash="1675742867493.png_1890_1" data-aid="1" orgwidth="490" orgheight="29" data-image="1" class="ntes-resize-image"> </pre><pre style="font-family: monospace; box-sizing: border-box; overflow: auto; padding: 1px 0px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; line-height: inherit; word-break: break-all; border: 0px; border-radius: 0px; vertical-align: baseline;"><br></pre><pre style="font-family: monospace; box-sizing: border-box; overflow: auto; padding: 1px 0px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; line-height: inherit; word-break: break-all; border: 0px; border-radius: 0px; vertical-align: baseline;">I am puzzle because I can see the #1,#2,#3£¬#4 in the list.</pre><pre style="font-family: monospace; box-sizing: border-box; overflow: auto; padding: 1px 0px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; line-height: inherit; word-break: break-all; border: 0px; border-radius: 0px; vertical-align: baseline;"><img src="cid:1cb84a52$2$1862a11c243$Coremail$squirrel_dock$163.com" style="vertical-align: bottom; width: 139px; height: 117px;" data-hash="1.png_2376_2" data-aid="2" orgwidth="139" orgheight="117" data-image="1" class="ntes-resize-image"> </pre><pre style="font-family: monospace; box-sizing: border-box; overflow: auto; padding: 1px 0px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; line-height: inherit; word-break: break-all; border: 0px; border-radius: 0px; vertical-align: baseline;"><br></pre>Can you give me some guidance?
</pre></div><i>Thanks in advance</i></pre></div>