<div dir="ltr">Thank you very much, Elaine !  😘<br><div><br></div><div>Yours sincerely</div><div><br></div><div>Enrico</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Il giorno mar 14 feb 2023 alle ore 17:27 Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>> ha scritto:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hello,<br>
(1) yes, it is very simple, for example commands:<br>
<br>
color gray,r coil<br>
color red,r strand<br>
color blue,r helix<br>
<br>
...the ",r" part means ribbons only (not sticks, surface, etc.), see the color command help for details:<br>
<<a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/color.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/color.html</a>><br>
<br>
See also command-line specifiers including coil, strand, helix:<br>
<<a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/atom_spec.html#builtin" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/atom_spec.html#builtin</a>><br>
<br>
(2) not exactly, you have to use the Ribbon Style Editor tool (in menu under Tools... Depiction) first to create the style that you want and give it a name. But after you save/name the style it is saved in your preferences and you can use "ribscale" or "ribrepr" to apply it, if it is a scaling (width/height) or style (cross-section shape) respectively.  This is all described in the Ribbon Style Editor help and links therein:<br>
<<a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/ribbonstyle/ribbonstyle.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/ribbonstyle/ribbonstyle.html</a>><br>
<br>
If you want to do everything in the command line including specifying the angstrom values of width/height/etc. then you would need to use ChimeraX instead of Chimera.  In ChimeraX there is a "cartoon style" (same as "ribbon style") command that does all that stuff. See here for ChimeraX help for that command and several examples.<br>
<<a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/cartoon.html#style" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/cartoon.html#style</a>><br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
> On Feb 14, 2023, at 7:55 AM, Enrico Martinez via Chimera-users <<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br>
> <br>
> Dear Chimera Users!<br>
> <br>
> I have several basic commands related to the visualization of cartoon models:<br>
> <br>
> 1) Is it possible to color secondary structure elements (normally integrated in the context menu by means of tools -> depiction) via some command called from command line / script ?<br>
> <br>
> 2) how could I change the representation style of the cartoon diagrams e.g. radius of loops or introducing some artistic elements in alpha-helixes / B-sheets ? Is it possible to modify it via commands ?<br>
> <br>
> Many thanks in advance<br>
> <br>
> Best wishes<br>
> <br>
> Enrico<br>
<br>
</blockquote></div>