<div dir="auto">Thank you once again! </div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, 13 Mar, 2023, 21:16 Elaine Meng, <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Prathvi,<br>
Both Chimera and ChimeraX have an "Axes/Planes/Centroids" tool and also a "define" command to create planes, etc. from sets of atoms.<br>
<br>
However, the "atoms" that are showing the membrane boundary locations are from the Orientations of Proteins in Membranes (OPM) database as described in the link that you sent.  So you have to first get the PDB file from that database with the extra membrane "atoms," then use the tool or command mentioned above to show these sets of atoms as planes (discs).<br>
<br>
The link that you sent describes the Chimera process.<br>
<<a href="https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/ImageGallery/framedD3R.html" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/ImageGallery/framedD3R.html</a>><br>
<br>
The following and links therein (including an example script that does everything and the example PDB from the OPM database) describe the ChimeraX process:<br>
<<a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/features.html#axesplanes" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/features.html#axesplanes</a>><br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
> On Mar 13, 2023, at 4:43 AM, Prathvi Singh via Chimera-users <<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank" rel="noreferrer">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br>
> <br>
> Hi Elaine,<br>
> Is it possible in chimera or chimeraX to create such planes for membrane proteins which show the plasma membrane boundaries as shown in: <a href="https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/ImageGallery/framedD3R.html" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/ImageGallery/framedD3R.html</a><br>
> If yes, then kindly tell me how to do it.<br>
<br>
</blockquote></div>