<div dir="ltr">It would be nice if a multiple-molecule file can be read as a (coordinates only) MD trajectory.<br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sat, Apr 8, 2023 at 2:21 AM Eric Pettersen <<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu">pett@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div style="overflow-wrap: break-word;">Hi Francois,<div><span style="white-space:pre-wrap">     </span>There is no formal XYZ file format definition.  Chimera reads the format <a href="https://en.wikipedia.org/wiki/XYZ_file_format" target="_blank">as described in Wikipedia</a>, which only allows for one molecule per file.</div><div><br></div><div><div>--Eric</div><div><br></div><div><span style="white-space:pre-wrap">  </span>Eric Pettersen</div><div><span style="white-space:pre-wrap">   </span>UCSF Computer Graphics Lab</div></div><div><br><div><br><blockquote type="cite"><div>On Apr 6, 2023, at 9:09 PM, Francois Berenger via Chimera-users <<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:</div><br><div><div dir="ltr"><div>Dear list,</div><div><br></div><div>I can read one molecule fine in .xyz format using chimera.</div><div><br></div><div>However, if my .xyz file has several molecules (like a MD trajectory),</div><div>chimera fails to read it in.</div><div><br></div><div>Is there planned support for MD trajectories given as .xyz file?</div><div><br></div><div>I have chimera-1.16.</div><div>I shall test with ChimeraX very soon.<br></div><div><br></div><div>Regards,</div><div>F.</div><div><br></div></div>
_______________________________________________<br>Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>Manage subscription: <a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br></div></blockquote></div><br></div></div></blockquote></div>