
<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" /></head><body style='font-size: 10pt; font-family: Verdana,Geneva,sans-serif'>

<p>Hi all,</p>

<p>I just started model building in cryoEM maps and get great results using ISOLDE on AlphaFold2-derived initial models. I have a question which is mainly directed to Tristan I guess:</p>

<p>Is is possible to use the command line/script to apply secondary structure restraints in ISOLDE? I would like to restrain the initial secondary structure assignment from Alphafold especially at resolution worse than 3.5 A. At the moment I select each and every residue range assigned to helix, parallel or antiparallel beta-strand one after the other and turn on the corresponding restrains in the ISOLDE GUI. Is there a better way via command line of script?<br /><br /></p>

<p>Cheers,<br />Guido</p>

<p>-- </p>

<p><span style="color: #14738c;"><strong>PD Dr. Guido Hansen<br /></strong></span><span style="color: #14738c;">Group Leader</span></p>

<div class="moz-signature">

<div class="moz-signature"><img src="http://media.biochem.uni-luebeck.de/export/logo/Signaturbild.png" alt="Uni-Lübeck" width="187" height="54" /> <span> <span style="color: #14738c;"> </span> </span>

<p class="MsoNormal"><span style="color: #14738c;"><strong> Universität zu Lübeck</strong><br /> <strong> Institut für Biochemie</strong></span></p>

<span> <span style="color: #14738c;"> </span> </span>

<p class="MsoNormal"><span style="color: #14738c;"> Tel +49 451 3101 3122<br /> </span> <span style="color: #14738c;"> Fax +49 451 3101 3104<br /> E-Mail <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:hansen@biochem.uni-luebeck.de">hansen@biochem.uni-luebeck.de</a><br /> <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="http://www.biochem.uni-luebeck.de">www.biochem.uni-luebeck.de</a><br /> </span></p>

<span> <span style="color: #14738c;"> </span> </span>

<p class="MsoNormal"><span style="color: #14738c;"> Ratzeburger Allee 160<br /> </span><span style="color: #145a6e; mso-fareast-language: DE;"><span style="color: #14738c;"> 23562 Lübeck </span><span><br /> </span><br /> </span></p>

</div>

</div>

</body></html>