<div dir="ltr">Ahh ok, so I was overcomplicating it I guess(: I just tried this and it worked.<div><br></div><div>Thanks so much!</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Mar 16, 2022 at 6:53 PM Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi German, <br>
Sure!  "sel" is an atom specification that means the currently selected atoms.  So if you have selected the atoms of the benzene ring, it would be something like:<br>
<br>
define centroid sel radius 0.25 color orange<br>
<br>
...where "sel" is the atom-spec as shown in the usage information:<br>
<<a href="https://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/define.html#centroid" rel="noreferrer" target="_blank">https://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/define.html#centroid</a>><br>
<br>
There are lots of different ways to give an atom-spec.  Instead of "sel" you could give residue number(s) or name(s), atom name(s), "protein" etc.<br>
<<a href="https://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/atomspec.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/atomspec.html</a>><br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
> On Mar 16, 2022, at 4:45 PM, German Barcenas via ChimeraX-users <<a href="mailto:chimerax-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimerax-users@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br>
> <br>
> Hello,<br>
> I am trying to place a centroid marker at the center of a selection of atoms, for example in the middle of a benzene ring that is at some arbitrary position in my system. I want to do some distance measurements here. I can do something like this:<br>
> <br>
> shape sphere color orange radius 0.25 center sel<br>
> <br>
> where the center sel places the sphere where I want, but these spheres can't be used to make measurements. Instead I think I need a marker object, such as:<br>
> <br>
> define centroid radius 0.25 color orange <br>
> <br>
> But I don't know how to recreate that `center sel` position. I have tried <br>
> <br>
> define centroid radius 0.25 color orange position center<br>
>  <br>
> define centroid radius 0.25 color orange position center sel<br>
> <br>
> define centroid radius 0.25 color orange position sel<br>
> <br>
> These do not work. I am under the impression that the centroid is a marker object and should have some position argument. Can anyone help me?<br>
> Thanks,<br>
<br>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr">German Barcenas</div><div dir="ltr">Ph.D Candidate | Materials Science and Engineering </div><div dir="ltr">Materials Modeling and Theory Group</div><div dir="ltr">Boise State University<br><div><a href="mailto:germanbarcenas@u.boisestate.edu" target="_blank">germanbarcenas@u.boisestate.edu</a> | 940-577-5094</div></div></div></div></div></div></div>