
<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>

</head>

<body dir="ltr">

<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;" dir="ltr">

<p>Hello,</p>

<p><br>

</p>

<p>I would like to protonate ASP, GLU, and HIS side chains throughout a model. I'm a little confused about the syntax of the

<span>useAspName, <span style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, Helvetica, EmojiFont, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji", NotoColorEmoji, "Segoe UI Symbol", "Android Emoji", EmojiSymbols; font-size: 16px;">useGluName, etc. option. I've looked

 around but haven't found any examples. Could you provide one?</span></span></p>

<p><span><span style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, Helvetica, EmojiFont, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji", NotoColorEmoji, "Segoe UI Symbol", "Android Emoji", EmojiSymbols; font-size: 16px;"><br>

</span></span></p>

<p>Furthermore, once a side chain is protonated, will ISOLDE recognize that site as being charged? Or does this need to be specified somehow?</p>

<p><br>

</p>

<p>Best</p>

<p>-Jon</p>

</div>

</body>

</html>