<div dir="auto">Great!! Thanks Ricardo!</div><div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, May 20, 2022 at 7:46 AM Ricardo Righetto <<a href="mailto:ricardorighetto@gmail.com">ricardorighetto@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Hi again,</div><div><br></div><div>Pardon for resurrecting another old thread: <a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/pipermail/chimerax-users/2020-May/001139.html" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/pipermail/chimerax-users/2020-May/001139.html</a></div><div><br></div><div>I have needed to extract selected blobs as separate surfaces (and also separate volumes) recently and found a way to do it within ChimeraX version 1.3 (2021-12-08), here's how:</div><div><br></div>1. Right mouse → Blob → right click desired blob to color it (any color different from the rest of the volume)<br><br>2. Split the surface based on colors:<br>sop splitbycolor #1.2<br><br>3. Use the desired split surface to mask the original volume data:<br>vol mask #1 surf #2.2 fullMap true<br><br>4. Save as a new volume:<br><div>save my_segmented_piece.mrc #3</div><div><br></div><div>Hope this helps :-)</div><div><br></div><div>Best wishes,</div><div><div><div><div dir="ltr" data-smartmail="gmail_signature"><br>--<br>Ricardo Diogo Righetto<br></div></div></div></div></div>
</blockquote></div></div>