<div dir="ltr">Hi Tony,<div><br></div><div>thank you so much!</div><div>This is what I was looking for!</div><div><br></div><div>Andrea</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Il giorno dom 22 mag 2022 alle ore 23:06 Anthony James Schaefer <<a href="mailto:tony.schaefer@uga.edu">tony.schaefer@uga.edu</a>> ha scritto:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Andrea,</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
I've made a script that does approximately what is in your picture. You give it two atom selections, and it will display the VDW radii of atoms in one group that intersect with the other group. A red line (it's really a bunch of small red spheres, but I think
 it looks fine) is added at the intersection.</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Opening the script will add the "displayClash" command. To make the attached image, I defined a selector called "BINAP" and another called "EDA" for the two ligands on this structure. Then, I ran "displayClash EDA with BINAP". The command also has a 'scale'
 option to scale the VDW radii, and a 'color' option to change the intersection color (e.g. "displayClash EDA with BINAP scale 1.2 color purple").
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
If you don't want to see the red intersection through the VDW radii, you can make it slightly transparent. ChimeraX doesn't display transparent things that are behind other transparent things.
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
I've attached the Python script as a .txt file because Outlook doesn't like Python files. You'll have to change the extension to .py before trying to open it in ChimeraX.</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Best,</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Tony<br>
</div>
<div id="gmail-m_-5945143244567809243appendonsend"></div>
<hr style="display:inline-block;width:98%">
<div id="gmail-m_-5945143244567809243divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" style="font-size:11pt" color="#000000"><b>From:</b> ChimeraX-users <<a href="mailto:chimerax-users-bounces@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimerax-users-bounces@cgl.ucsf.edu</a>> on behalf of Andrea Dallapè via ChimeraX-users <<a href="mailto:chimerax-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimerax-users@cgl.ucsf.edu</a>><br>
<b>Sent:</b> Saturday, May 21, 2022 4:38 PM<br>
<b>To:</b> ChimeraX Users Help <<a href="mailto:chimerax-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimerax-users@cgl.ucsf.edu</a>><br>
<b>Subject:</b> [chimerax-users] (no subject)</font>
<div> </div>
</div>
<div><font color="BA0C2F">[EXTERNAL SENDER - PROCEED CAUTIOUSLY]</font><br>
<br>
<div>
<div dir="ltr">Dear ChimeraX Team,
<div><br>
</div>
<div>I would like to ask you if there's a simple and easy method (without using external software) to label the steric clashes, as in the attached image (the red line between the ball densities).</div>
<div><br>
</div>
<div>Thank you for your help and attention!</div>
<div><br>
</div>
<div>Andrea</div>
<br>
</div>
</div>
</div>
</div>

</blockquote></div>