<div dir="ltr">Dear Elaine,<div><br></div><div>This really helps! Thanks!</div><div><br clear="all"><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div dir="ltr">Best regards,<div>Hui</div><div><br></div></div></div></div></div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Jul 8, 2022 at 1:33 PM Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Dear Hui,<br>
The "color zone" command has a "bondPointSpacing" option to also use the coloring of bonds ( = links in marker models).<br>
<br>
<<a href="https://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/color.html#zone" rel="noreferrer" target="_blank">https://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/color.html#zone</a>><br>
<br>
Although there is also a Color Zone tool (GUI) I don't think it includes that option specifically, so you would need to use the command.<br>
<<a href="https://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/tools/colorzone.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/tools/colorzone.html</a>><br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
> On Jul 8, 2022, at 12:57 PM, HUI WANG via ChimeraX-users <<a href="mailto:chimerax-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimerax-users@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br>
> <br>
> Dear Developers,<br>
> I have a need to color a huge ring-like structure with markers, I used to know that we could color the density by the markers as well as the links between them, so It's not necessary to have too many markers. <br>
> However, I cannot figure out how to color the density covered by the links now. I am using ChimeraX 1.3. Any comments or suggestions will be appreciated! Thanks!<br>
> Best regards,<br>
> Hui <br>
<br>
</blockquote></div>