<div dir="ltr">Hi!<div><br></div><div>I am a very excited biologist that has been eagerly trying to use ChimeraX to generate hypotheses for the work I collaborate in insect resistance to pesticides by analyzing the predicted structure of proteins and their interactions with ligands.</div><div><br></div><div>I have been able to generate a 3D model of my protein of interest using the <i>alphafold</i> tool as available in <i>ChimeraX</i>. I then proceeded using the <i>Swiss Docking</i> tool to predict the interactions of selected ligands with the 3D protein model. I can see the results in swiss page, but was not able to use the link available to <i>uscf chimera</i>, and neither identify why my browser would not launch web chimera when requested. </div><div><br></div><div>I downloaded all the data produced by Swiss Docking, but I can not open the <i>clusters.dock4</i> file generated in my installed version of <i>ChimeraX</i> to display the results as it is shown in the video available when selecting the link of the <i>uscf chimera</i> in the swiss web page. How can I do that to select for the best ligand-protein interaction predicted?</div><div><br></div><div>Alternatively, I have uploaded my protein and ligand pdb files in my ChimeraX and calculated clashes and contacts under Structure Analysis in the Tools tab, as explained in some of the videos I have been watching with the Chimera old version. But I am not confident that what I see reflects the prediction data I was able to obtain with the Swiss Docking tool. How can I be sure that the ligand-protein interaction predicted this way is the best choice?</div><div><br></div><div>Sorry for the long message! Hope someone will bring me some light as I struggle with python command lines!</div><div><br></div><div>My best!</div><div><br></div><div>Fernando Consoli</div><div><br></div><div><br></div></div>