<div dir="ltr">Hello Elaine,<div><br></div><div>I hope this email finds you well. I have a couple of questions for you. I have been working on the measurement of enclosed volumes, these are the commands I have been using:</div><div><br></div><div>molmap #1 12</div><div>volume level 0.07</div><div>"blob"</div><div>surface splitbycolor #2.1<br></div><div>view position #3 sameAs #2</div><div>measure volume #3.2</div><div><br></div><div>I am curious if there is a command to change the map radius to:</div><div><br></div><div>outer radium: 145</div><div>ave radium: 141</div><div>inner radium:84</div><div><br></div><div>Or if you are aware of a map that already has these coordinates?</div><div><br></div><div>Lastly, for the volume level is there a default level that maybe is recommended once these radii are in place? The 0.07 level seems to render lower inner volumes (i.e. 2.348 x 10^6) compared to the one below for example.</div><div><br></div><div>I am going to attach one of my PDB files if you need it. The inner volume calculation through the review is 2.48 x 10^6 cubic angstroms, just as a reference for this file.  Thanks so much, and hope to hear soon.</div><div><br></div><div>Thank you,<br></div><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><br></div><div>Heather Noriega</div>PhD-Pharmaceutical Science student <div>Howard University<br><div><a href="mailto:heather.noriega@bison.howard.edu" target="_blank">heather.noriega@bison.howard.edu</a></div><div>520-203-1883</div><div class="gmail_chip gmail_drive_chip" style="width:396px;height:18px;max-height:18px;background-color:rgb(245,245,245);padding:5px;font-family:arial;font-weight:bold;font-size:13px;border:1px solid rgb(221,221,221);line-height:1"><a href="https://drive.google.com/file/d/12YVgV54awWkEqZe3UWIgUFMhCuWoYl4N/view?usp=drive_web" target="_blank" style="display:inline-block;max-width:366px;overflow:hidden;text-overflow:ellipsis;white-space:nowrap;text-decoration-line:none;padding:1px 0px;border:none" aria-label="AAV_3B_VP3_only.pdb"><img style="vertical-align: bottom; border: none;" src="https://ssl.gstatic.com/docs/doclist/images/icon_10_generic_list.png"> <span dir="ltr" style="vertical-align:bottom;text-decoration:none">AAV_3B_VP3_only.pdb</span></a><img src="//ssl.gstatic.com/ui/v1/icons/common/x_8px.png" style="opacity: 0.55; cursor: pointer; float: right; position: relative; top: -1px; display: none;"></div></div></div></div></div></div>