<div dir="auto">It definately does help. I had no idea Tom put the example up, but that is good to know about the recipes. I will try the shape command and continue to play with the level contour and higher resolution maps. Thanks so much 😊<br><br><div data-smartmail="gmail_signature">Thank you,<br><br>Heather Noriega<br>PhD-Pharmaceutical Science student<br>College of Pharmacy<br>Howard University<br><a href="mailto:heather.noriega@bison.howard.edu">heather.noriega@bison.howard.edu</a> <br>520-203-1883</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Jul 19, 2022, 8:39 PM Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Heather, <br>
I'm not the one who figured out the recipe for capsid inside volume calculation; all credit goes to Tom G, who also put the example on github:<br>
<<a href="https://rbvi.github.io/chimerax-recipes/virus_volume/virusvol.html" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://rbvi.github.io/chimerax-recipes/virus_volume/virusvol.html</a>><br>
<br>
There is no command to set the contour level to give a certain surface "radius" (in quotes since it's still an irregular shape, rather than a sphere or other idealized solid).  Maps don't have surface coordinates per se, they just have values on a grid in 3D and the surface is merely a contour of the specified level relative to those values.  As you saw, the surface will move around and change shape depending on how you set the contour level.<br>
<br>
Although the volume command has an "encloseVolume" option to set the contour level to enclose a specific total volume, that would be the volume between the inner and outer surfaces, not inside the inner surface.<br>
<<a href="https://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/volume.html#encloseVolume" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/volume.html#encloseVolume</a>><br>
<br>
There is no recommended contour level across maps.  Different maps have different levels of noise and resolution.  Sometimes the map header in the file has a recommended level for that specific map, but I'm not the expert on how you would extract or use it.<br>
<br>
If you just want to draw an ideal sphere or icosahedron surface, see the "shape" command<br>
<<a href="https://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/shape.html" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/shape.html</a>><br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
<br>
> On Jul 19, 2022, at 5:19 PM, Noriega, Heather via ChimeraX-users <<a href="mailto:chimerax-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank" rel="noreferrer">chimerax-users@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br>
> <br>
> Hello Elaine,<br>
> <br>
> I hope this email finds you well. I have a couple of questions for you. I have been working on the measurement of enclosed volumes, these are the commands I have been using:<br>
> <br>
> molmap #1 12<br>
> volume level 0.07<br>
> "blob"<br>
> surface splitbycolor #2.1<br>
> view position #3 sameAs #2<br>
> measure volume #3.2<br>
> <br>
> I am curious if there is a command to change the map radius to:<br>
> <br>
> outer radium: 145<br>
> ave radium: 141<br>
> inner radium:84<br>
> <br>
> Or if you are aware of a map that already has these coordinates?<br>
> <br>
> Lastly, for the volume level is there a default level that maybe is recommended once these radii are in place? The 0.07 level seems to render lower inner volumes (i.e. 2.348 x 10^6) compared to the one below for example.<br>
> <br>
> I am going to attach one of my PDB files if you need it. The inner volume calculation through the review is 2.48 x 10^6 cubic angstroms, just as a reference for this file.  Thanks so much, and hope to hear soon.<br>
> <br>
> Thank you,<br>
> <br>
> Heather Noriega<br>
> PhD-Pharmaceutical Science student <br>
> Howard University<br>
> <a href="mailto:heather.noriega@bison.howard.edu" target="_blank" rel="noreferrer">heather.noriega@bison.howard.edu</a><br>
> 520-203-1883<br>
>  AAV_3B_VP3_only.pdb<br>
<br>
</blockquote></div>