<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">

</head>

<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">

Dear All,

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">I’m new to Chimera X and to Colab Alphafold (AF), hope you can help please.</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">

<ul class="MailOutline">

<li class="">I’m running Chimera X 1.4 on a Macbook Air.</li><li class="">I want the predicted structure of a fairly large protein (<b class="">1182</b> residues).</li><li class="">When I first ran Colabfold_predict, it terminated after 90 min (RAM issue).</li><li class="">I re-ran the same sequence *<i class="">without </i><span style="font-style: normal;" class="">*</span><i class=""> </i><span style="font-style: normal;" class="">Energy Minimization.</span></li><li class=""><span style="font-style: normal;" class="">After 20 mins, it successfully returned the first model (see attached), but ran into RAM issues again.</span></li></ul>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Two questions:</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">

<ul class="MailOutline">

<li class="">There is no ‘Prediction’ folder in my Downloads, so how can I download the *.pdb file of model #1 that it clearly has generated?</li><li class="">If I cannot do this, will an upgrade to Colab Pro solve this issue for this size of protein?</li></ul>

<div class=""><br class="">

</div>

</div>

</div>

<div class="">Thanks for advice.</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Kind regards,</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Anthony</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class=""><img apple-inline="yes" id="2165AAE2-87C6-4B94-A5F4-CD6734F633B1" width="916" height="523" src="cid:8B6C8DAE-A4C3-4F95-8B26-037B6B318679" class=""></div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class=""><br class="">

</div>

</body>

</html>