<div style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:Arial"><div style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:Arial"><div>Hi Eric,</div><div>            It looks like I went into an internet connecting issue so three same questions were posed on the mailing list yesterday, I do apologize.</div><div>            By using your method "~bond; bond #1", the problem was indeed solved, thank u very much.</div><div><br></div><div><br></div><br><br><br><div id="dvLetterAngle"></div><div  style="position:relative;zoom:1"><br><div>洪冉</div><div>E_mail: <a href="mailto:hongran@ahpu.edu.cn" _src="mailto:hongran@ahpu.edu.cn">hongran@ahpu.edu.cn</a> </div><div>安徽工程大学 化学与环境工程学院</div><div>安徽芜湖北京中路8号 241000</div><div style="clear:both"></div></div><br>发件人：Eric Pettersen <pett@cgl.ucsf.edu><br>发送日期：2022-09-09 23:18:52<br>收件人："洪冉" <hongran@ahpu.edu.cn><br>抄送人：ChimeraX Users Help <chimerax-users@cgl.ucsf.edu><br>主题：Re: [chimerax-users] How to update the bonding status in a molecular trajectory?<br><blockquote id="isReplyContent" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">Hi Ran,<div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">      </span>There is no need to send the same question to the mailing list three times within minutes of one another.</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>It looks like the bonds are between the wrong pairs of atoms.  Assuming your trajectory is model #1, these commands should fix it: "~bond; bond #1".</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><div class="">--Eric</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">   </span>Eric Pettersen</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">    </span>UCSF Computer Graphics Lab</div></div><div class=""><br class=""></div><div class=""><div><br class=""><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Sep 8, 2022, at 6:03 PM, 洪冉 via ChimeraX-users <<a href="mailto:chimerax-users@cgl.ucsf.edu" class="">chimerax-users@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div style="line-height: 1.7; font-size: 14px; font-family: Arial;" class=""><div style="line-height: 1.7; font-size: 14px; font-family: Arial;" class=""><div class="">Dear ChimeraX developers and users,</div><div class="">I tried to use ChimeraX to visualize my MD trajectory and I found some bonds were stretched very long and weird, see below</div><div class="">In VMD, I could fix this phenomenon using updatebond features, could anybody tell me how to enable this feature in ChimeraX? Many thanks in advance.</div><div class=""><span id="cid:1505998205.234777.1662685429948.Hmail.hongran@ahpu.edu.cn"><image.png></span></div><br class=""><br class=""><div class="">Ran hong</div><div class=""><a href="mailto:hongran@ahpu.edu.cn" _src="mailto:hongran@ahpu.edu.cn" class="">hongran@ahpu.edu.cn</a> </div><div class="">Anhui polytechnic university</div><div class="">Wuhu, China, 241000</div><div style="position:relative;zoom:1" class=""><div style="clear:both" class=""></div></div></div><br class=""><br class=""><br class=""><br class=""><br class=""><br class=""><div id="dvLetterAngle" class=""></div><div style="position:relative;zoom:1" class=""></div></div><br class="">_______________________________________________<br class="">ChimeraX-users mailing list<br class=""><a href="mailto:ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu" class="">ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu</a><br class="">Manage subscription:<br class="">https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users<br class=""></div></blockquote></div><br class=""></div></blockquote></div><br></div><br>