<div dir="auto"><div>Dear Tom and Elaine,</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Thanks a lot for your favorable reply. I will most likely follow Tom's idea: do seq fit manually.</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Thanks and have a nice day,</div><div dir="auto">Yanhe<br><br><div class="gmail_quote" dir="auto"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Sep 21, 2022, 1:07 PM Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Yanhe,<br>
I could not reproduce this problem.  Even if I have the two copies of the same atomic model in exactly the same place before I run the command:<br>
<br>
fitmap #2,3 inMap #1 seq 2 res 3.7<br>
<br>
... they go to different places.  But if you use "shift false" it will prevent shifting during fitting, so I don't think you want to use that option.<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
<br>
> On Sep 21, 2022, at 8:17 AM, Yanhe Zhao via ChimeraX-users <<a href="mailto:chimerax-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank" rel="noreferrer">chimerax-users@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br>
> <br>
> Greeting there developer,<br>
> <br>
> I am using fitmap command of chimerax to fit pdb to map, the command as below:<br>
> fitmap #2,3 inMap #1 seq 2 res 3.7<br>
> #2 and #3 are copy of each other and I manually placed them in different positions in map,<br>
> #2 and #3 come to same position after the command running, I had shift option false, but come to same result.<br>
> I remember it works in chimera.<br>
> Could you please point me out?<br>
> <br>
> Thanks and have a nice day,<br>
> Yanhe<br>
<br>
</blockquote></div></div></div>