<div dir="ltr"><div>Hello Tom and Elaine,</div><div><br></div><div>Thank you for the answers. I realized now that the order of actions matters in this case:</div><div>1. fit map #2 into #1</div><div>2. resample map #2 onGrid #1 produces new map #3</div><div>3. save aligned-map.mrc model #3</div><div>4 reopen #3 and that map retains the newly assigned coordinates.</div><div><br></div><div>Thank You very much.</div><div><br></div><div>Issue is solved.</div><div><br></div><div>Best regards,<br></div><div><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr">Nebojša Bogdanović, Ph.D<div>Department of Physiology and Biophysics,</div><div>School of Medicine,</div><div>Case Western Reserve University</div></div></div></div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Oct 10, 2022 at 5:07 PM Tom Goddard <<a href="mailto:goddard@sonic.net">goddard@sonic.net</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Use commands<br>
<br>
        volume resample #2 onGrid #1<br>
        save aligned_map.mrc model #3<br>
<br>
  Tom<br>
<br>
<br>
> On Oct 10, 2022, at 1:49 PM, Nebojsa Bogdanovic via ChimeraX-users <<a href="mailto:chimerax-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimerax-users@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br>
> <br>
> Hello, <br>
> <br>
> I open two maps and I fit #2 into #1. I need to save map #2 at it's new position, but there is no option "relative to model or map". By doing "volume resample #1 onGrid #1, I match the box sizes but the new position is not maintained after saving that new map. Is there any command/function I could do that with?<br>
> <br>
> Thank You and regards,<br>
> Nebojša Bogdanović, Ph.D<br>
> Department of Physiology and Biophysics,<br>
> School of Medicine,<br>
> Case Western Reserve University<br>
> _______________________________________________<br>
> ChimeraX-users mailing list<br>
> <a href="mailto:ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
> Manage subscription:<br>
> <a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users</a><br>
<br>
</blockquote></div>