<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
<style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>
</head>
<body dir="ltr">
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof">
Hi Elaine,</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof">
Hi Elaine,</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof">
Well I am having fish tonight ðŸ˜‰.  I used your suggestion select the atoms on the screen and then run the pop-up distance command and reading the results in the Log.  I am still not fully clear about defining atoms and such after reading the atoms page.  I
 will keep working on it.</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof">
Thanks for your help.</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof">
Phil</div>
<div id="appendonsend"></div>
<hr style="display:inline-block;width:98%" tabindex="-1">
<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" style="font-size:11pt" color="#000000"><b>From:</b> Elaine Meng <meng@cgl.ucsf.edu><br>
<b>Sent:</b> Tuesday, November 15, 2022 11:03 AM<br>
<b>To:</b> McClean, Phillip <phillip.mcclean@ndsu.edu><br>
<b>Cc:</b> chimerax-users@cgl.ucsf.edu <chimerax-users@cgl.ucsf.edu><br>
<b>Subject:</b> Re: [chimerax-users] Distance between two atoms</font>
<div> </div>
</div>
<div class="BodyFragment"><font size="2"><span style="font-size:11pt;">
<div class="PlainText">Hi Phil,<br>
There is a "distance" command, use command "help distance" or see the help at our website here:<br>
<<a href="https://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/distance.html">https://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/distance.html</a>><br>
<br>
...and many examples of how to specify atoms in the command line here:<br>
<<a href="https://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/atomspec.html#hierarchy">https://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/atomspec.html#hierarchy</a>><br>
<br>
Why don't you give it a few tries? We need to "teach a man to fish" since we can't tell thousands of users how to write each command they need for their research.<br>
<br>
Or you can just choose the atoms from the screen: first make sure they are displayed so you can actually see them, and then Ctrl-click one, Shift-Ctrl-doubleclick the second one and choose "Distance" from the resulting pop-up menu.  This also is described in
 the help  (Selection Context Menus):<br>
<<a href="https://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/selection.html#context">https://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/selection.html#context</a>><br>
<br>
Best,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
> On Nov 15, 2022, at 8:30 AM, McClean, Phillip via ChimeraX-users <chimerax-users@cgl.ucsf.edu> wrote:<br>
> <br>
> Hi Everyone,<br>
> <br>
> I have a two chain model.  I would like to determine the distance between the CD1 atom of residue 77 in chain B and the CD1 atom of residue Leu 150 in chain C.  What would be the proper distance command.<br>
> <br>
> Thanks for the help again.<br>
> <br>
> Phil McClean<br>
<br>
</div>
</span></font></div>
</body>
</html>