<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">

<style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>

</head>

<body dir="ltr">

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof">

Carina,</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof">

<br>

</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof">

After installing a bundle, ChimeraX needs to be restarted before you can open its file formats. If this issue persists after restarting ChimeraX, submit a bug report through Help -> Report a Bug on the ChimeraX menu.</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof">

<br>

</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof">

Tony<br>

</div>

<div id="appendonsend"></div>

<hr style="display:inline-block;width:98%" tabindex="-1">

<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" style="font-size:11pt" color="#000000"><b>From:</b> ChimeraX-users <chimerax-users-bounces@cgl.ucsf.edu> on behalf of Carina Luo via ChimeraX-users <chimerax-users@cgl.ucsf.edu><br>

<b>Sent:</b> Wednesday, November 23, 2022 8:52 AM<br>

<b>To:</b> chimerax-users@cgl.ucsf.edu <chimerax-users@cgl.ucsf.edu><br>

<b>Subject:</b> [chimerax-users] Opening .xyz file in ChimeraX</font>

<div> </div>

</div>

<div><font color="BA0C2F">[EXTERNAL SENDER - PROCEED CAUTIOUSLY]</font><br>

<br>

<div>

<div dir="ltr"><font face="arial, sans-serif" color="#000000">Hello,</font>

<div><font face="arial, sans-serif" color="#000000"><br>

</font></div>

<div><font face="arial, sans-serif" color="#000000">I am trying to open an .xyz file in ChimeraX. I installed SEQCROW (1.5.9) as prompted, but ChimeraX still says "Opener for format 'XYZ file' is not installed; see log for more info."</font></div>

<div><font face="arial, sans-serif" color="#000000"><br>

</font></div>

<div><font face="arial, sans-serif" color="#000000">Here is the output I got when I installed SEQCROW (1.5.9):</font></div>

<div><font face="arial, sans-serif" color="#000000">Downloading bundle SEQCROW-1.5.9-py3-none-any.whl<br style="">

</font>

<p style=""><font face="arial, sans-serif" color="#000000">Errors may have occurred when running pip:<br>

</font></p>

<p style=""><font face="arial, sans-serif" color="#000000">pip standard error:<br>

---<br>

<br>

[notice] A new release of pip available: 22.2.2 -> 22.3.1<br>

[notice] To update, run: C:\Program Files\ChimeraX\bin\ChimeraX.exe -m pip install --upgrade pip<br>

---<br>

</font></p>

<p style=""><font face="arial, sans-serif" color="#000000" style="">pip standard output:<br>

---<br>

Looking in indexes: <a href="https://pypi.org/simple">https://pypi.org/simple</a>,

<a href="https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/pypi/">https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/pypi/</a><br>

Processing c:\users\user\downloads\seqcrow-1.5.9-py3-none-any.whl<br>

Requirement already satisfied: jinja2 in c:\program files\chimerax\bin\lib\site-packages (from SEQCROW==1.5.9) (3.1.2)<br>

Collecting Send2Trash<br>

Downloading Send2Trash-1.8.0-py3-none-any.whl (18 kB)<br>

Requirement already satisfied: ChimeraX-Core<=1.5,>=1.2 in c:\program files\chimerax\bin\lib\site-packages (from SEQCROW==1.5.9) (1.5rc202210312311)<br>

Requirement already satisfied: scipy in c:\program files\chimerax\bin\lib\site-packages (from SEQCROW==1.5.9) (1.9.0)<br>

Requirement already satisfied: psutil in c:\program files\chimerax\bin\lib\site-packages (from SEQCROW==1.5.9) (5.9.1)<br>

Requirement already satisfied: MarkupSafe>=2.0 in c:\program files\chimerax\bin\lib\site-packages (from jinja2->SEQCROW==1.5.9) (2.1.1)<br>

Requirement already satisfied: numpy<1.25.0,>=1.18.5 in c:\program files\chimerax\bin\lib\site-packages (from scipy->SEQCROW==1.5.9) (1.23.1)<br>

Installing collected packages: Send2Trash, SEQCROW<br>

Successfully installed SEQCROW-1.5.9 Send2Trash-1.8.0</font></p>

<p style=""><font face="arial, sans-serif" color="#000000" style=""><br>

</font></p>

<p style=""><font face="arial, sans-serif" color="#000000" style="">Could you please help me figure out what I still need to do in order to successfully open .xyz files in ChimeraX?</font></p>

<p style="">Sincerely,</p>

<p style="">Carina</p>

</div>

</div>

</div>

</div>

</body>

</html>