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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">Hi,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">I’ve used <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">align #2/X:1 @CA,O,C,N to #1/X:1 @CA,O,C,N<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">align #3/X:1 @CA,O,C,N to #1/X:1 @CA,O,C,N<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">align #4/X:1 @CA,O,C,N to #1/X:1 @CA,O,C,N<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">…<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">to align <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">#2 molecule against #1 molecule with backbone atoms<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">#3 molecule against #1 molecule with backbone atoms<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">#4 molecule against #1 molecule with backbone atoms<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">etc…<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">However, how can I align all rest molecules (e.g. #2~#100) against #1 molecule
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">with backbone atoms<b><u> at once </u></b>in chimeraX?<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">I’ve used<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">align all toAtoms #1 matchAtomNames true<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">align all toAtoms #1 matchNumbering true<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">to align all molecules to #1 molecule <b><u>at once</u></b>.
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">However, with this command, I cannot specify to use backbone atoms (e.g. CA,O,C,N) only when aligning.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">I think that there should a 1 line command that aligns all molecules with specific atoms only<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">or there is chimeraX equivalent python script as<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in">from chimera import runCommand as rc # use 'rc' as shorthand for runCommand<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in">from chimera import replyobj # for emitting status messages<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Best,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Doo Nam<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
</body>
</html>