<div dir="ltr">Hello Elain,<div> Thanks for your explanation. I am able to create the movie now. I then have two new questions:</div><div>1.Following the morph command, I found an arginine residue rotate in a direction that caused clashes with a neighbouring residue in the movement, before moving to the final unclashed position. So is there any way to control the movement direction of the side chain to avoid possible clashes?</div><div>2. Now I have the morph trajectory, I also want to have the camera rotate as the structure moves at the same time. Is it possible?</div><div>Thank you,</div><div>Best,</div><div>Jiang</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Dec 12, 2022 at 8:22 AM Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Jiang Xuf,<br>
ChimeraX has a "morph" command (not a tool dialog), see:<br>
<br>
<<a href="https://rbvi.ucsf.edu/chimferax/docs/user/commands/morph.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://rbvi.ucsf.edu/chimferax/docs/user/commands/morph.html</a>><br>
<br>
Example:<br>
<br>
open 2gbp<br>
open 2fw0<br>
matchmaker #2 to #1<br>
morph #1,2<br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
> On Dec 11, 2022, at 8:52 PM, Jiang Xu via ChimeraX-users <<a href="mailto:chimerax-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimerax-users@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br>
> <br>
> Hey Guys, <br>
>    I am new to ChimeraX and just trying to adapt from Pymol to ChimeraX. I am using a macbook pro (15-inch early 2018) running macOS Big Sur. I was trying to use the morph method of ChimeraX to record some clips for my publication. But I couldn't find the structure comparison tab from the tools dropdown list. I've tried the 1.5 and daily build version and I couldn't find this tab in both. Any suggestions?<br>
> Thank you,<br>
> Best,<br>
> Jiang Xu<br>
<br>
</blockquote></div>