<div dir="ltr">Thank you very much Elaine! 😘<div>Cheers</div><div>Enrico</div></div><br><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Il giorno ven 6 gen 2023 alle ore 17:19 Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>> ha scritto:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hello,<br>
It is very easy, just use the color names you want in commands something like the following:<br>
<br>
color coil gray<br>
color helix orange red<br>
color strand purple<br>
<br>
... the above would color all the representations (cartoon, atoms, molecular surface...).  If you specifically want to color cartoon only (not atoms, molecular surface...), could be something like:<br>
<br>
color coil gray target c<br>
color helix orange red target c<br>
color strand purple target c<br>
<br>
explanation of command-line specifiers like helix, strand, coil...<br>
<<a href="https://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/atomspec.html#builtin" rel="noreferrer" target="_blank">https://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/atomspec.html#builtin</a>><br>
<br>
list of color names<br>
<<a href="https://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/colornames.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/colornames.html</a>><br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
> On Jan 6, 2023, at 8:11 AM, Enrico Martinez via ChimeraX-users <<a href="mailto:chimerax-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimerax-users@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br>
> <br>
> Dear ChimeraX users!<br>
> I need to color cartoon representation of a protein according to its<br>
> secondary structure (e.g. to color helix in red, b-stands in blue and<br>
> coils in violet etc). I have already seen a built-in plugin in UCSF<br>
> Chimera (but not in Chimera-X) that could do this job! Could you<br>
> suggest commands that would be useful in Chimera-X?<br>
> Many thanks in advance<br>
> Cheers<br>
> Enrico<br>
<br>
</blockquote></div>