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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Hi everyone,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">I hope to at least get a reply from Tom, but this may need a bit of troubleshooting (?).<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">I looked into a very old post of yours, Tom, about rescaling an atomic model (see it at the end of my email).
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">I put everything in place but I get an error and I wonder if anything has changed with the PDB format since 2005, or some incompatibility with new chimera versions…<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">If there is actually a way of doing the same with ChimeraX, that would be incredible =)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Cheers!<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">André<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Error and forwarded message comes now:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">__________________________________________________<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">AttributeError Exception in Tk callback<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> Function: <bound method MidasUI.processCommand of <Midas.midas_ui.MidasUI instance at 0x00000000079092C8>> (type: <type 'instancemethod'>)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> Module: <module 'Midas.midas_ui' from 'C:\Program Files\Chimera 1.16\share\Midas\midas_ui.pyc'> (line: 618)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> Args: (<Tkinter.Event instance at 0x00000000198D8AC8>,)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> Event type: KeyPress (type num: 2)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Traceback (innermost last):<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> File "C:\Program Files\Chimera 1.16\bin\lib\site-packages\Pmw\Pmw_1_3_3\lib\PmwBase.py", line 1747, in __call__<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> return apply(self.func, args)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> File "C:\Program Files\Chimera 1.16\share\Midas\midas_ui.py", line 628, in processCommand<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> midas_text.makeCommand(cmdText)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> File "C:\Program Files\Chimera 1.16\share\Midas\midas_text.py", line 69, in makeCommand<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> f(c, args)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> File "C:\Program Files\Chimera 1.16\share\scalemol\ChimeraExtension.py", line 23, in scale_molecule<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> x, y, z = a.coord().xyz.data()<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">AttributeError: '_chimera.Point' object has no attribute 'xyz'<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">================================================<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> Event contents:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> char: <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> delta: 0<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> height: ??<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> keycode: 13<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> keysym: Return<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> keysym_num: 65293<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> num: ??<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> serial: 14638<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> state: 8<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> time: 154527203<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> type: 2<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> widget: .121252488L.126915336L.428746824L.428747592L.428747720L<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> width: ??<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> x: 228<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> x_root: 288<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> y: -22<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> y_root: 941<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">______________________________________________________________________<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"><o:p> </o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"><o:p> </o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"><o:p> </o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"><o:p> </o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"><o:p> </o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"><o:p> </o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"><o:p> </o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black">------- Start of forwarded message -------<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"><o:p> </o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black">Date: Wed, 27 Apr 2005 11:05:55 -0700 (PDT)<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black">From: Thomas Goddard <</span><span style="color:black"><a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users"><span lang="EN-US">goddard at cgl.ucsf.edu</span></a></span><span lang="EN-US" style="color:black">><o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"><o:p> </o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black">Hi Jinghua,<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"><o:p> </o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"> By "virus cage pdb file" I guess you mean you placed atoms at<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black">icosahedral positions, and want to show them connected up to show some<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black">icosahedral pattern.<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"><o:p> </o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"> I think the easiest approach is to open your old session, run a<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black">command to change the diameter of the cage, then save a new session.<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black">Below is some Python code that provides a "scalemol" Chimera command.<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black">Make a directory chimera/share/scalemol in your Chimera distribution<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black">and put the code below in file chimera/share/scalemol/ChimeraExtension.py.<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black">Then start Chimera, open the cage PDB model, use menu entry<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black">Favorites/Command line, and type a command:<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"><o:p> </o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"> scalemol 0 1.5<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"><o:p> </o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black">to make model number 0 bigger by a factor of 1.5. If you have more than<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black">one model open you can see the model numbers using Favorites / Model Panel,<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black">the model number is shown in the left hand column.<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"><o:p> </o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"> Tom<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"><o:p> </o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"><o:p> </o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black">- ----<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black">scalemol/ChimeraExtension.py code follows:<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"><o:p> </o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"><o:p> </o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"># -----------------------------------------------------------------------------<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black">#<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black">def scale_molecule(cmdname, args):<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"><o:p> </o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"> from Midas.midas_text import error<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"><o:p> </o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"> fields = args.split()<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"> try:<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"> model_num = int(fields[0])<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"> factor = float(fields[1])<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"> except:<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"> error('Syntax error: scalemol <model-number> <factor>')<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"> return<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"><o:p> </o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"> import chimera<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"> mlist = chimera.openModels.list(id = model_num)<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"> if len(mlist) == 0:<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"> error('scalemol: No model number %d' % model_num)<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"> return<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"><o:p> </o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"> for model in mlist:<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"> for a in model.atoms:<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"> x, y, z = a.coord().xyz.data()<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"> c = chimera.Coord()<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"> c.x, c.y, c.z = (factor*x, factor*y, factor*z)<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"> a.setCoord(c)<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"> <o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"># -----------------------------------------------------------------------------<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black">#<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black">import Midas.midas_text<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black">Midas.midas_text.addCommand('scalemol', scale_molecule)<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black"><o:p> </o:p></span></pre>
<pre><span lang="EN-US" style="color:black">------- End of forwarded message -------<o:p></o:p></span></pre>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
</div>
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