<div style="font-family: Arial; font-size: 14px;"><br></div><div style="font-family: Arial; font-size: 14px; color: rgb(0, 0, 0);">Dear all,</div><div style="font-family: Arial; font-size: 14px; color: rgb(0, 0, 0);">I am new to docking analysis. I have obtained a list of poses from VINA analysis, but what of them shall I choose?</div><div style="font-family: Arial; font-size: 14px; color: rgb(0, 0, 0);">Is the first the best choice?</div><div style="font-family: Arial; font-size: 14px; color: rgb(0, 0, 0);">The problem is that, according to the pose, the ligand binds the protein in a different position. Different ligands might or might not bind on the same position, thus choosing the right pose is essential to determine whether there is a position that allows binding of multiple molecules.</div><div style="font-family: Arial; font-size: 14px; color: rgb(0, 0, 0);">What is the procedure to determine whether such a multiple binding site exists?</div><div style="font-family: Arial; font-size: 14px; color: rgb(0, 0, 0);">What is the protocol to choose the right pose?<br></div><div style="font-family: Arial; font-size: 14px; color: rgb(0, 0, 0);">Thank you <br></div>