<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">
<meta name="Generator" content="Microsoft Word 15 (filtered medium)">
<!--[if !mso]><style>v\:* {behavior:url(#default#VML);}
o\:* {behavior:url(#default#VML);}
w\:* {behavior:url(#default#VML);}
.shape {behavior:url(#default#VML);}
</style><![endif]--><style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:Helvetica;
        panose-1:0 0 0 0 0 0 0 0 0 0;}
@font-face
        {font-family:Vrinda;
        panose-1:2 11 5 2 4 2 4 2 2 3;}
@font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        font-size:10.0pt;
        font-family:"Calibri",sans-serif;}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
span.EmailStyle18
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri",sans-serif;
        color:windowtext;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-size:10.0pt;}
@page WordSection1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:72.0pt 72.0pt 72.0pt 72.0pt;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>
<body lang="en-BE" link="blue" vlink="purple" style="word-wrap:break-word;-webkit-nbsp-mode: space;line-break:after-white-space">
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span lang="FR" style="font-size:14.0pt;mso-fareast-language:EN-US">Fantastic !!<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR" style="font-size:14.0pt;mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR" style="font-size:14.0pt;mso-fareast-language:EN-US">Thanks<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:14.0pt;mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:Helvetica;color:black">—<br>
Prof. Cedric Govaerts, Ph.D.<br>
Universite Libre de Bruxelles<br>
Campus Plaine. Phone :+32 2 650 53 77<br>
Building BC, Room 1C4 203<br>
Boulevard du Triomphe, Acces 2<br>
1050 Brussels<br>
Belgium<br>
http://govaertslab.ulb.ac.be/<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"><o:p> </o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:14.0pt;mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:14.0pt;mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:0cm;margin-right:0cm;margin-bottom:12.0pt;margin-left:36.0pt">
<b><span style="font-size:12.0pt;color:black">From: </span></b><span style="font-size:12.0pt;color:black">Elaine Meng <meng@cgl.ucsf.edu><br>
<b>Date: </b>Tuesday, 14 February 2023 at 17:35<br>
<b>To: </b>GOVAERTS Cédric <Cedric.Govaerts@ulb.be><br>
<b>Cc: </b>chimerax-users@cgl.ucsf.edu <chimerax-users@cgl.ucsf.edu><br>
<b>Subject: </b>Re: [chimerax-users] Colouring clipping plane<o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:36.0pt"><span style="font-size:11.0pt">Hi Cedric!<o:p></o:p></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:36.0pt"><span style="font-size:11.0pt">In the Models panel, use the disclosure triangles and expand until you can see the surface cap model (see attached image) -- there will be a square color well for that model, in
 the column between the ID and the "eye" (show/hide).  Click that color well and it should bring up your system color-editor.  Then when you choose the color in that dialog it will replace the electrostatic coloring on the cap.<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:36.0pt"><span style="font-size:11.0pt"><o:p> </o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:36.0pt"><span style="font-size:11.0pt">I hope this helps,<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:36.0pt"><span style="font-size:11.0pt">Elaine<o:p></o:p></span></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:36.0pt"><span style="font-size:11.0pt">-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
<br>
<img width="501" height="140" style="width:5.2187in;height:1.4583in" id="_x0037_68D5B8D-137B-45DB-A7B7-B1702000C840" src="cid:61C22175-358B-40E7-A7E4-D052D4A4F04D"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:36.0pt"><span style="font-size:11.0pt"><br>
<br>
<o:p></o:p></span></p>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<p class="MsoNormal" style="margin-left:36.0pt"><span style="font-size:11.0pt">On Feb 14, 2023, at 7:36 AM, GOVAERTS Cédric via ChimeraX-users <chimerax-<a href="mailto:users@cgl.ucsf.edu">users@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br>
<br>
Hi ChimeraX team.<br>
 <br>
I’m trying to get an image of a protein whose surface is colored by electrostatic properties  but clipped halfway.<br>
I would like the clipping plane to be white, not red/blue according to the electrostativ properties of the residues insides the protein.<br>
However, I don’t’ seem to be able to do that.<br>
 <br>
-If I color everything white and then click on Molecular-Display “electrostatic”,  the clipping plane also gets the electrostatic coloring<br>
<image001.png><br>
 <br>
-If I color everything white and then click on Molecular-Display “hydrophobic” or “rainbow” it works, the clipping plane remains white.<br>
<image002.png><br>
 <br>
Can you help me getting the white clipping plane with electrostatic surface ?<br>
 <br>
Thanks a bunch<br>
 <br>
Cedric<br>
 <br>
—<br>
Prof. Cedric Govaerts, Ph.D.<br>
Universite Libre de Bruxelles<br>
Campus Plaine. Phone :+32 2 650 53 77<br>
Building BC, Room 1C4 203<br>
Boulevard du Triomphe, Acces 2<br>
1050 Brussels<br>
Belgium<br>
<a href="https://eur01.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Fgovaertslab.ulb.ac.be%2F&data=05%7C01%7CCedric.Govaerts%40ulb.be%7C1ad282da5f924ac9cb1908db0ea96fb5%7C30a5145e75bd4212bb028ff9c0ea4ae9%7C0%7C0%7C638119893125316030%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C3000%7C%7C%7C&sdata=JX%2BaAkY%2FUorrEndLWbfMSt7o4CUIWLeRngGhLU69iYw%3D&reserved=0">http://govaertslab.ulb.ac.be/</a><br>
 <br>
 <br>
 <br>
_______________________________________________<br>
ChimeraX-users mailing list<br>
ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu<br>
Manage subscription:<br>
https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users<o:p></o:p></span></p>
</blockquote>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:36.0pt"><span style="font-size:11.0pt"><o:p> </o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>