
<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class=""><br class=""><div><br class=""><blockquote type="cite" class=""><div class="">Begin forwarded message:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px;" class=""><span style="font-family: -webkit-system-font, Helvetica Neue, Helvetica, sans-serif; color:rgba(0, 0, 0, 1.0);" class=""><b class="">From: </b></span><span style="font-family: -webkit-system-font, Helvetica Neue, Helvetica, sans-serif;" class="">Ratchanont Viriyakitkosol <<a href="mailto:ratchanont.vir@gmail.com" class="">ratchanont.vir@gmail.com</a>><br class=""></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px;" class=""><span style="font-family: -webkit-system-font, Helvetica Neue, Helvetica, sans-serif; color:rgba(0, 0, 0, 1.0);" class=""><b class="">Subject: </b></span><span style="font-family: -webkit-system-font, Helvetica Neue, Helvetica, sans-serif;" class=""><b class="">Request for Help with Chimerax and Protein Visualization</b><br class=""></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px;" class=""><span style="font-family: -webkit-system-font, Helvetica Neue, Helvetica, sans-serif; color:rgba(0, 0, 0, 1.0);" class=""><b class="">Date: </b></span><span style="font-family: -webkit-system-font, Helvetica Neue, Helvetica, sans-serif;" class="">March 2, 2023 at 12:26:42 AM PST<br class=""></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px;" class=""><span style="font-family: -webkit-system-font, Helvetica Neue, Helvetica, sans-serif; color:rgba(0, 0, 0, 1.0);" class=""><b class="">To: </b></span><span style="font-family: -webkit-system-font, Helvetica Neue, Helvetica, sans-serif;" class=""><a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu" class="">pett@cgl.ucsf.edu</a><br class=""></span></div><br class=""><div class=""><div dir="ltr" class=""><p style="font-size:16px;border:0px solid rgb(217,217,227);box-sizing:border-box;margin:0px 0px 1.25em;font-family:Söhne,ui-sans-serif,system-ui,-apple-system,"Segoe UI",Roboto,Ubuntu,Cantarell,"Noto Sans",sans-serif,"Helvetica Neue",Arial,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji";white-space:pre-wrap" class=""><font class="">Dear Eric Pettersen,</font></p><p style="font-size:16px;border:0px solid rgb(217,217,227);box-sizing:border-box;margin:1.25em 0px;font-family:Söhne,ui-sans-serif,system-ui,-apple-system,"Segoe UI",Roboto,Ubuntu,Cantarell,"Noto Sans",sans-serif,"Helvetica Neue",Arial,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji";white-space:pre-wrap" class=""><font class="">I hope this email finds you well. I am a medical school undergraduate student, and I have been using Chimerax to visualize protein structures that I predicted using AlphaFold. I am reaching out to you as I have encountered some difficulties with visualizing chemical bonding interactions in Chimerax, and I was hoping you could provide some guidance.</font></p><p style="font-size:16px;border:0px solid rgb(217,217,227);box-sizing:border-box;margin:1.25em 0px;font-family:Söhne,ui-sans-serif,system-ui,-apple-system,"Segoe UI",Roboto,Ubuntu,Cantarell,"Noto Sans",sans-serif,"Helvetica Neue",Arial,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji";white-space:pre-wrap" class=""><font class="">Firstly, I have been using the "contacts" command in Chimerax to visualize chemical bonding interactions that interact with a single amino acid. However, I am not sure if this is the correct command to use. The visualization only shows blue dashlines, which I assume are hydrogen bonds. However, I am not sure if it is showing all direct interactions, including polar and nonpolar, favorable and unfavorable (including clashes). I want to know what is meant by "favorable and unfavorable" interactions in this context.</font></p><p style="font-size:16px;border:0px solid rgb(217,217,227);box-sizing:border-box;margin:1.25em 0px;font-family:Söhne,ui-sans-serif,system-ui,-apple-system,"Segoe UI",Roboto,Ubuntu,Cantarell,"Noto Sans",sans-serif,"Helvetica Neue",Arial,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji";white-space:pre-wrap" class=""><font class="">Secondly, I have been unable to find a command to show disulfide bonds within a protein in Chimerax. I know that Pymol can show disulfide bonds in the same model, but I find Chimerax easier to use. Could you please let me know how to visualize disulfide bonds in Chimerax?</font></p><p style="font-size:16px;border:0px solid rgb(217,217,227);box-sizing:border-box;margin:1.25em 0px;font-family:Söhne,ui-sans-serif,system-ui,-apple-system,"Segoe UI",Roboto,Ubuntu,Cantarell,"Noto Sans",sans-serif,"Helvetica Neue",Arial,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji";white-space:pre-wrap" class=""><font class="">As an undergraduate student with limited knowledge of structural analysis, I want to ensure that the bonding I use in my manuscript is shown correctly. I would greatly appreciate any advice or guidance you could provide.</font></p><p style="font-size:16px;border:0px solid rgb(217,217,227);box-sizing:border-box;margin:1.25em 0px;font-family:Söhne,ui-sans-serif,system-ui,-apple-system,"Segoe UI",Roboto,Ubuntu,Cantarell,"Noto Sans",sans-serif,"Helvetica Neue",Arial,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji";white-space:pre-wrap" class=""><font class="">Thank you for taking the time to read my email, and I look forward to your reply.</font></p><p style="font-size:16px;border:0px solid rgb(217,217,227);box-sizing:border-box;margin:1.25em 0px;font-family:Söhne,ui-sans-serif,system-ui,-apple-system,"Segoe UI",Roboto,Ubuntu,Cantarell,"Noto Sans",sans-serif,"Helvetica Neue",Arial,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji";white-space:pre-wrap" class=""><font class=""><br class=""></font></p><p style="font-size:16px;border:0px solid rgb(217,217,227);box-sizing:border-box;margin:1.25em 0px;font-family:Söhne,ui-sans-serif,system-ui,-apple-system,"Segoe UI",Roboto,Ubuntu,Cantarell,"Noto Sans",sans-serif,"Helvetica Neue",Arial,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji";white-space:pre-wrap" class=""><font class="">Best regards,</font></p><p style="font-size:16px;border:0px solid rgb(217,217,227);box-sizing:border-box;margin:1.25em 0px;font-family:Söhne,ui-sans-serif,system-ui,-apple-system,"Segoe UI",Roboto,Ubuntu,Cantarell,"Noto Sans",sans-serif,"Helvetica Neue",Arial,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji";white-space:pre-wrap" class=""><font class="">James</font></p></div>

</div></blockquote></div><br class=""></body></html>